Bộ trưởng Ngoại giao Koulamallah Abderaman cho biết vụ cháy xảy ra tại một kho quân sự ở khu vực Goudji thuộc thủ đô N'Djamena.
Tổng thống Mahamat Idriss Deby đã gửi lời chia buồn tới các nạn nhân và gia đình họ nhưng không nêu rõ con số thương vong.
Đoạn video chưa được BBC xác minh cho thấy các vụ nổ thắp sáng bầu trời đêm.
Những người chứng kiến cho biết họ có thể nghe thấy tiếng động này từ cách xa hàng dặm.
Các nhà báo làm việc cho hãng thông tấn AFP cho biết vụ hỏa hoạn đã khiến vũ khí bắn lên không trung.
Một quan chức Pháp giấu tên cũng nói với hãng tin này rằng đã xảy ra "những vụ nổ đạn dược với mọi cỡ nòng".
Một người dân nói với hãng tin Reuters rằng ông nhìn thấy 3 người bị thương trên đường phố, trong khi một người khác cho biết hàng xóm của ông đã thiệt mạng.
“Những tiếng nổ lớn đã đánh thức chúng tôi”, Moustapha Adoum Mahamat nói.
"Ngôi nhà của chúng tôi rung chuyển như thể có ai đó đang bắn vào chúng tôi. Sau đó, chúng tôi thấy một đám cháy lớn ở trại lính, khói và nhiều thứ nổ tung trong không khí", ông nói.
"Chúng tôi có thể nhìn thấy pháo binh bay qua đầu chúng tôi."
Bộ trưởng Ngoại giao và phát ngôn viên chính phủ Koulamallah Abderaman kêu gọi công chúng giữ bình tĩnh sau vụ nổ.
"Xin gửi lời chia buồn chân thành nhất tới các gia đình nạn nhân và cầu mong những người bị thương sớm bình phục", Tổng thống Deby viết trên Facebook.
Nguyên nhân của vụ cháy vẫn chưa được xác định và tổng thống đã hứa sẽ điều tra.
