Theo đó, đường Tôn Đức Thắng thành giao thông ngầm, có bãi giữ xe ngầm, Công trường Mê Linh sẽ có vườn trũng ngầm ở giữa, ngoài ra còn có đài phun nước… Khu Công viên bến Bạch Đằng giáp đường Nguyễn Hữu Cảnh - sông Sài Gòn, diện tích 11,96 ha sẽ dành mặt đất đường Tôn Đức Thắng đoạn dọc công viên cho không gian đi bộ và xe điện, chuyển đường Tôn Đức Thắng xuống hầm.
Kết cấu ngầm Tôn Đức Thắng gồm hai tầng hầm, tầng một có bãi đậu xe công cộng và lối ra/vào, tầng hai có bãi đậu xe công cộng và đường ngầm Tôn Đức Thắng. Các lối ra/vào bãi xe ngầm sẽ có hai làn xe riêng biệt và không được kết nối trực tiếp xuống đường ngầm Tôn Đức Thắng. Bãi đậu xe này có sức chứa 300 xe hơi, gồm hai tầng hầm như phân tích ở trên, nếu cần thiết thì có thể tận dụng một phần cho xe hai bánh.
Khu vực Công trường Mê Linh sẽ xây dựng một vườn trũng ngầm ở giữa công trường, có bố trí cửa hàng bán lẻ, quán cà phê, nhà hàng... xung quanh ở tầng ngầm này. Vườn trũng sẽ kết nối trực tiếp với bãi đậu xe ngầm ở dưới đường Tôn Đức Thắng. Đồng thời đảm bảo kết nối với các tòa nhà xung quanh trong tương lai.
Bên cạnh các công trình ngầm làm mới, khu vực này sẽ kết nối với phố đi bộ Nguyễn Huệ. Theo quy hoạch, dưới đường Nguyễn Huệ sẽ là trung tâm thương mại ngầm tại tầng hầm đầu tiên và hai hoặc ba tầng giữ xe ở phía dưới.
Giữa Công trường Mê Linh và sông Sài Gòn sẽ có ba trạm xe buýt, trạm LRT (Light Rail Transit, đường sắt nhẹ, trạm có thể được xây dưới lòng đất) và trạm taxi thủy.
Phương tiện cũng có thể đi từ bãi đậu xe ngầm Tôn Đức Thắng đến Công trường Mê Linh và được đảm bảo an toàn qua lối vào bố trí tại tầng hầm thứ nhất, vốn sử dụng cho dịch vụ và bảo trì các cửa hàng thương mại bên dưới Công trường Mê Linh.
Lối đi bộ cũng sẽ được bố trí từ bãi đậu xe ngầm Tôn Đức Thắng tới Công trường Mê Linh qua tầng hầm thứ nhất của đường Tôn Đức Thắng.
