Ngày 5-12, Thuế TPHCM phối hợp cùng Trung tâm Xúc tiến thương mại và đầu tư TPHCM (ITPC) tổ chức hội nghị đối thoại doanh nghiệp và chính quyền TPHCM lần thứ 269. Vấn đề về thuế hết sức nóng bỏng với hơn 50 câu hỏi được 23 doanh nghiệp gửi tới buổi đối thoại.
“Nạn nhân” của hệ số K
Tại buổi đối thoại, bà Vũ Thị Thu Thủy, Phó giám đốc khối tài chính - kế toán Công ty cổ phần Daikin Air Conditioning Việt Nam, phản ánh bất cập liên quan đến hệ số K trong hệ thống cảnh báo rủi ro hóa đơn điện tử. Theo đó, các chi nhánh được phép xuất hóa đơn trong vòng 5-10 ngày. Trong thời gian chờ công ty mẹ xuất hóa đơn, chi nhánh vẫn bán hàng bình thường, khiến đầu vào ghi nhận chậm hơn đầu ra.
Điều này làm phát sinh cảnh báo hệ số K và ảnh hưởng tới uy tín doanh nghiệp khi cảnh báo tự động gửi đến đối tác. Đại diện Daikin đề nghị cơ quan thuế xem xét lại cách thức gửi cảnh báo, đồng thời cho phép doanh nghiệp được giải trình trước khi hệ thống tự động phát đi cảnh báo.
Theo bà Phan Thị Ái Hòa, Giám đốc Công ty TNHH Xã hội Bạch Sen, doanh nghiệp từng bị ảnh hưởng trực tiếp khi hệ số K được áp dụng mà không phân biệt rõ giữa hoạt động thương mại và dịch vụ. Hệ quả là một hợp đồng dài hạn bị hủy do cảnh báo tự động lan tỏa đến khách hàng trước khi doanh nghiệp nhận được thông báo chính thức. Nếu hệ số K có một bước dừng, đó là thông báo trước thì đã tránh được thiệt hại này cho doanh nghiệp.
Phản hồi những ý kiến trên, ông Giang Văn Hiển, Phó trưởng Thuế TPHCM, lưu ý, nếu chưa có đầu vào mà đã xuất đầu ra, về nguyên tắc là chưa đúng quy định. Giải thích chi tiết, ông Bùi Quan Trọng, Trưởng phòng Quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp số 1 Thuế TPHCM, cho biết, Tổng cục Thuế đã xây dựng chức năng trên hệ thống hóa đơn điện tử nhằm ngăn chặn việc xuất hóa đơn khống.
Một trong những tính năng cốt lõi là kiểm soát tự động tổng giá trị hàng hóa bán ra so với ngưỡng giá trị đầu vào theo tháng, thông qua hệ số K, được tính dựa trên tồn kho và giá trị hàng mua vào. Khi tham số vượt ngưỡng, hệ thống sẽ tự động phát cảnh báo. Do đó, khi nhận cảnh báo, doanh nghiệp nên chủ động liên hệ cơ quan thuế để được tháo gỡ ngay.
Phối hợp giải quyết chuyện hoàn thuế
Một sự “máy móc” khác cũng được nhiều doanh nghiệp nêu ra tại buổi đối thoại. Đại diện Công ty TNHH Vận tải Việt Nhật phản ánh vướng mắc trong quá trình hoàn tất nghĩa vụ thuế để chấm dứt hoạt động văn phòng đại diện. Doanh nghiệp cho biết đã nộp tờ khai lệ phí môn bài bổ sung từ năm 2017 bằng mã số thuế của công ty mẹ và hồ sơ được cơ quan thuế tiếp nhận.
Tuy nhiên, sau đó cán bộ thuế lại yêu cầu nộp bằng mã số thuế của chính văn phòng đại diện, trong khi đơn vị này không có tư cách pháp nhân, con dấu hay chữ ký số để thực hiện. Doanh nghiệp đã gửi công văn từ ngày 17-10-2025 nhưng đến nay vẫn chưa nhận được phản hồi, nên đề nghị được cung cấp đầu mối xử lý...
Bà Đỗ Lê Mai Trâm, Phó trưởng Phòng Quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp số 3 Thuế TPHCM, cho biết, trường hợp của Công ty Việt Nhật liên quan hồ sơ cụ thể nên cần làm việc trực tiếp với phòng để xử lý. Đồng thời, ông Giang Văn Hiển giao bà Mai Trâm theo dõi, xử lý trực tiếp việc này.
Một nội dung khác nhiều doanh nghiệp than khó, là chuyện hoàn thuế. Công ty cổ phần Dệt may đầu tư Thành Công phản ánh, hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng của doanh nghiệp bị giữ lại chỉ vì phải “xác minh thêm” về hàng hóa xuất vào kho ngoại quan. Lâu nay xuất hàng vào kho ngoại quan được áp dụng thuế suất 0%. Lần này, dù đã cung cấp tờ khai đầy đủ, số thuế tương ứng với doanh thu vẫn bị tạm giữ chờ xác minh.
Doanh nghiệp thắc mắc: “Quy định đã rõ hàng vào kho ngoại quan được hưởng thuế suất 0%, chứng từ đã đủ, sao vẫn phải xác minh thêm?”. Ông Giang Văn Hiển thông báo, để đảm bảo đúng bản chất, hồ sơ nào còn điểm chưa rõ thì cơ quan thuế bắt buộc phải xác minh; nội dung nào đã rõ sẽ hoàn ngay. Đề nghị doanh nghiệp phối hợp với cơ quan thuế để xác minh nhanh chóng hồ sơ.
Rắc rối với “doanh nghiệp ma”
Tại hội nghị, Công ty I.P.L. bày tỏ lo ngại khi nhiều doanh nghiệp dù chỉ mua những mặt hàng nhỏ, đã kiểm tra khá kỹ nhưng vài năm sau vẫn bị truy thu và xử phạt vì bên bán bị xác định là “doanh nghiệp ma” hoặc có dấu hiệu mua bán hóa đơn. Ông Trần Minh Quốc, Trưởng phòng Quản lý, hỗ trợ doanh nghiệp số 5 Thuế TPHCM, cho biết để được khấu trừ và tính chi phí hợp lệ, giao dịch phải phát sinh thật và đáp ứng đầy đủ điều kiện về hóa đơn, chứng từ, thanh toán.
Doanh nghiệp nên chủ động kiểm tra nhà cung cấp, xem họ có thực sự cung cấp hàng hóa hay không, tình trạng hoạt động ra sao, hóa đơn xuất ra có hợp lệ không (tra cứu: hoadondientu.gdt.gov.vn và gdt.gov.vn). Cơ quan thuế đã tăng cường nhiều biện pháp như hệ số K, phối hợp công an xử lý các vụ mua bán hóa đơn, nhưng nhấn mạnh phòng tránh “doanh nghiệp ma” không chỉ là trách nhiệm của cơ quan thuế. Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ, cảnh giác với giao dịch bất thường và kịp thời phản ánh khi phát hiện dấu hiệu vi phạm, chủ động rà soát là cách bảo vệ chính mình.
