Theo quy luật, từ tháng 5 trở đi, mực nước ở khu vực trung và hạ lưu sông Mê Công bắt đầu gia tăng và đạt đỉnh lũ đầu vụ vào khoảng giữa tháng 8, sau đó lũ xuống chậm (do trên toàn lưu vực sông Mê Công xuất hiện một thời kỳ ít mưa).
Tuy nhiên, quy luật nước lũ này đã hoàn toàn thay đổi với sự xuất hiện của các đập thủy điện trên dòng Mê Công. Từ năm 2010 đến nay, số trận lũ lớn giảm so với trước kia, chủ yếu xuất hiện các lũ vừa và nhỏ (chiếm đến khoảng 90%), lũ đầu vụ (tháng 8) cũng suy giảm nghiêm trọng. Số liệu thống kê từ Bộ NN-PTNT cho thấy, từ năm 2000 đến nay có 4 năm lũ lớn, trong đó có 3 năm lũ lớn liên tiếp là các năm 2000, năm 2001, năm 2002 và năm 2011, còn lại là lũ vừa và lũ nhỏ.
Người dân ở Bến Tre, Trà Vinh, Cà Mau mong lũ lớn về hơn cả những người ở đầu nguồn. Bởi năm nào có lũ lớn, năm đó hạn mặn sẽ ít và ngược lại. Như năm 2015 là năm lũ quá nhỏ (tại Tân Châu: 2,55m, Châu Đốc: 2,35m; thấp hơn trung bình hàng năm lần lượt là 1,45m và 1,22m). Hệ lụy là ĐBSCL phải gánh chịu trận hạn mặn lịch sử năm 2016, làm hàng trăm ngàn ha lúa, hoa màu, thủy sản bị thiệt hại, hàng triệu người dân thiếu nước ngọt sinh hoạt; gây thiệt hại hàng ngàn tỷ đồng.
Theo Bộ NN-PTNT, giai đoạn trước năm 2012, ranh mặn 4‰ chỉ vào từ 35 - 45km, năm sâu nhất đến 60km. Từ năm 2012 đến nay do chỉ xuất hiện lũ nhỏ, xâm nhập mặn với ranh mặn 4‰ thường xuyên vào sâu hơn, ở mức 50 - 60km. Điển hình là đợt xâm nhập mặn kỷ lục năm 2016, chiều sâu xâm nhập mặn cao nhất lên tới 90km tại ĐBSCL.
Việc này dẫn đến hàng loạt cửa lấy nước được xây dựng trước đây ở khoảng cách cách cửa sông 35-50km không thể lấy nước ngọt (trước đây có thể chủ động lấy nước ngọt); ngoài ra, các cửa cống này thường có cửa van tự động đóng mở theo chênh lệnh mực nước thượng/hạ lưu, nên đã gây tác động không nhỏ đến việc chủ động vận hành.
Theo PGS-TS Lê Anh Tuấn, Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu BĐKH (Trường Đại học Cần Thơ), việc cần thiết hiện nay là cơ quan chức năng phải có những dự báo sớm dựa vào các mô hình phỏng đoán trên thế giới và khu vực để có những chỉ đạo và khuyến cáo cho người dân.
Trước mắt, giảm diện tích canh tác lúa ở những vùng gò cao, các vùng ven biển, chuyển một phần diện tích trồng lúa sang cây trồng cạn ít tiêu thụ nước hoặc chuyển sang nuôi trồng thủy sản. Khuyến khích và hỗ trợ nông dân tìm mọi cách trữ nước ở các vùng trũng như lung đìa, ao hồ, các kênh mương,… và các lu chứa, bể chứa nước mưa. Người dân cần sử dụng nước tiết kiệm và hiệu quả.