Việc UBND TPHCM đề xuất tiếp nhận công trình Trụ sở Hỏa xa tại số 136 Hàm Nghi sẽ gây khó khăn về trụ sở làm việc cho các đơn vị thuộc Tổng Công ty; ảnh hướng tới công tác điều hành giao thông vận tải đường sắt và quản lý, khai thác, kinh doanh tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt, đồng thời phá vỡ kế hoạch đầu tư phát triển của Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam.