Đây là cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND cấp huyện đầu tiên ở TPHCM được thành lập theo Nghị quyết 98 của Quốc hội về thí điểm cơ chế chính sách đặc thù cho TPHCM.
Thanh tra Xây dựng TP Thủ Đức là cơ quan chuyên môn trực thuộc UBND TP Thủ Đức, có tư cách pháp nhân, có con dấu riêng, được mở tài khoản tại kho bạc và ngân hàng để hoạt động theo quy định. Cơ quan được thành lập trên cơ sở tổ chức lại đội thanh tra địa bàn trực thuộc Thanh tra Sở Xây dựng TPHCM và đội quản lý trật tự đô thị thuộc Phòng Quản lý đô thị TP Thủ Đức. Thời gian thực hiện việc chuyển tiếp 90 ngày, kể từ khi quyết định này có hiệu lực.
Đội quản lý trật tự đô thị TP Thủ Đức, đội thanh tra địa bàn trực thuộc Thanh tra Sở Xây dựng thống kê, bàn giao hồ sơ, trụ sở, trang thiết bị, công việc theo phân cấp quản lý cho cơ quan chủ quản theo quy định. Trong quá trình bàn giao, việc thực hiện công tác chuyên môn vẫn đảm bảo xuyên suốt, liên tục không gián đoạn.
Số lượng người làm việc của Thanh tra Xây dựng TP Thủ Đức do Chủ tịch UBND TP Thủ Đức quyết định theo số người làm việc được UBND TPHCM giao trong tổng số biên chế công chức hành chính hằng năm. Sau đó, trên cơ sở xác định vị trí việc làm sẽ có giải pháp điều chỉnh, sắp xếp, sử dụng số lượng người làm việc phù hợp chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Thanh tra xây dựng TP Thủ Đức.
Chủ tịch UBND TPHCM giao Sở Xây dựng phối hợp TP Thủ Đức bàn giao toàn bộ hồ sơ, trụ sở, trang thiết bị, công việc của đội thanh tra địa bàn về cho UBND TP Thủ Đức. Hướng dẫn địa phương về việc thực hiện và giải quyết những khó khăn, vướng mắc liên quan đến lĩnh vực phụ trách.
