Hiện mỗi ngày có khoảng 700 khách đến tham quan Bảo tàng Hà Nội, tương đương chỉ đạt được khoảng 1/3 năng lực theo thiết kế. Rất nhiều không gian ngoài trời vẫn bỏ trống, chưa sử dụng, gây lãng phí.
Chiếc đầu máy xe lửa chạy bằng hơi nước được sản xuất từ những năm 1960 - một trong những hiện vật được chọn để trưng bày trong Bảo tàng Hà Nội nhưng đã hơn 2 năm kể từ khi hoàn thành mọi thủ tục bàn giao, nó vẫn ở giữa bãi đất trống của Công ty cổ phần Xe lửa Gia Lâm.
Không mái che nắng mưa, cùng với thời gian, ngày càng xuống cấp nghiêm trọng. Hơn 3.700 hiện vật khác cũng cùng chung số phận. Dù đã được bảo tàng sưu tầm xong nhưng vẫn chưa thể ra mắt công chúng. Lý do là bởi dự án trưng bày cố định sau hơn 10 năm vẫn còn dang dở.
Theo thiết kế tổng thể, Bảo tàng Hà Nội sẽ có 7 chủ đề trưng bày về thiên nhiên cũng như tiến trình lịch sử của thủ đô nhưng đến nay, mới chỉ có một phần rất nhỏ trong số 7 chủ đề này được thiết kế xong.
Thiếu phần trưng bày cố định nên thời gian qua, Bảo tàng Hà Nội chỉ có thể tổ chức các phần trưng bày theo chuyên đề.
Hơn 10 năm trước, Bảo tàng Hà Nội được kỳ vọng là điểm đến hấp dẫn của thủ đô nhưng đến nay chỉ mới đón được 1/3 lượng khách theo năng lực thiết kế. Thực tế, thiết kế đẹp bên ngoài không đủ để làm nên một bảo tàng đúng nghĩa.