Trên cơ sở kiến nghị của Kiểm toán Nhà nước và đề nghị của các địa phương, Bộ GTVT đã phê duyệt đầu tư bổ sung dự án thêm 28km nữa từ nguồn vốn còn dư của dự án. Dự án đầu tư bổ sung này cũng đã hoàn thành và đưa vào khai thác từ ngày 13-8-2019. Trong quá trình điều chỉnh dự án, Bộ GTVT tiếp tục lấy ý kiến của các địa phương về quy mô đầu tư, vị trí đặt trạm thu phí, mức thu phí, thời gian hoàn vốn, thời gian bắt đầu thu phí... và đều nhận được sự thống nhất cao.
Hiện nhà đầu tư đã chuẩn bị đầy đủ các loại vé, đáp ứng đủ điều kiện để triển khai thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ để hoàn vốn cho dự án. Bộ GTVT đề nghị UBND tỉnh Khánh Hòa và Đắk Lắk chỉ đạo các đơn vị chức năng giải quyết triệt để tình hình mất an ninh trật tự trên địa bàn, có các biện pháp xử lý nghiêm những đối tượng có hành vi kích động, gây rối, cố tình phá hoại, gây mất trật tự xã hội để đảm bảo hoạt động thu phí diễn ra an toàn, giao thông thông suốt.
Theo Bộ GTVT, dự án tuyến tránh thị xã Ninh Hòa và cải tạo, nâng cấp quốc lộ 26 đoạn qua tỉnh Khánh Hòa và Đắk Lắk với tổng chiều dài 18km đã hoàn thành và đưa vào sử dụng từ 3-7-2017. Tuy nhiên, hơn 2 năm qua, nhà đầu tư chưa thể triển khai thu phí sử dụng dịch vụ đường bộ hoàn vốn cho dự án do gặp phải sự phản đối của người dân địa phương.