Theo dự thảo, các tỉnh, thành phố được tổ chức không quá 14 sở, riêng TP Hà Nội và TPHCM có không quá 15 sở. Trong đó, các sở được tổ chức thống nhất ở địa phương, gồm: Sở Nội vụ, Sở Tư pháp, Sở Tài chính, Sở Công thương, Sở Nông nghiệp và Môi trường, Sở Xây dựng, Sở KH-CN, Sở VH-TT-DL, Sở GD-ĐT, Sở Y tế, Thanh tra tỉnh, Văn phòng UBND.
Các sở đặc thù được tổ chức ở một số địa phương, gồm: Sở Ngoại vụ, Sở Dân tộc và Tôn giáo, Sở Du lịch, Sở Quy hoạch - Kiến trúc được thành lập ở TP Hà Nội và TPHCM.
So với quy định hiện hành, dự thảo nghị định đã có điều chỉnh tăng số lượng phó giám đốc sở. Theo đó, bình quân mỗi sở có 4 phó giám đốc, tăng 1 phó giám đốc so với quy định hiện hành. Riêng TP Hà Nội được tăng thêm, nhưng không quá 10 phó giám đốc và TPHCM được tăng thêm, nhưng không quá 15 phó giám đốc.
Để phù hợp với định hướng tổ chức chính quyền địa phương theo mô hình 2 cấp, dự thảo nghị định quy định phòng là cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp xã; thực hiện chức năng tham mưu, giúp UBND cấp xã quản lý nhà nước về ngành, lĩnh vực ở địa phương.
Bộ Nội vụ cũng đề xuất phòng thuộc UBND cấp xã chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, vị trí việc làm, biên chế công chức, cơ cấu ngạch công chức và công tác của UBND cấp xã; đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ của cơ quan chuyên môn thuộc UBND cấp tỉnh.
