Theo Sở Xây dựng, việc chậm triển khai di dời nhà trên và ven kênh rạch do nguồn vốn ngân sách của Thành phố hạn chế, không đủ so với nhu cầu. Nhóm dự án sử dụng nguồn vốn ngân sách chiếm tỷ trọng lớn, chiếm 62% cơ cấu nguồn vốn (gồm 59 dự án, 14.855 căn, chiếm 26.919/43.200 tỷ đồng).
Trong khi đó, việc cải tạo các tuyến rạch không được mở rộng hơn so với biên chỉnh trang nên không tạo được quỹ đất có giá trị thương mại, không hấp dẫn các nhà đầu tư tham gia dự án nên phải thực hiện bằng nguồn vốn ngân sách.
Việc sử dụng nguồn vốn ngân sách cũng gặp không ít khó khăn trong bối cảnh điều tiết ngân sách chung và hạn chế từ nguồn vốn vay ưu đãi của Ngân hàng Thế giới (WB); trong khi ngân sách thành phố đang cùng lúc phải cân đối cho các Chương trình đột phá khác như: giảm ùn tắc giao thông, chống ngập và giảm ô nhiễm môi trường có giá trị giải ngân cao, có tính cấp bách và theo thứ tự ưu tiên.
Do đó, trong số 59 dự án di dời nhà trên và ven kênh rạch bằng nguồn vốn ngân sách, chỉ bố trí vốn đầu tư công cho 32 dự án (đa số là vốn chuẩn bị đầu tư để thực hiện các công tác khảo sát, đo vẽ, lập hồ sơ… chưa bố trí vốn thực hiện bồi thường, di dời và xây dựng công trình hạ tầng kỹ thuật).
Báo cáo của Sở Xây dựng TPHCM cũng cho biết, do trình tự thực hiện các thủ tục đối với dự án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư bằng nguồn vốn ngân sách phức tạp, kéo dài gồm nhiều giai đoạn. Công tác chuẩn bị đầu tư theo Luật Đầu tư công (xác định quy mô dự án, lập và trình thẩm định, phê duyệt chủ trương đầu tư công, ghi vốn chuẩn bị đầu tư, vốn bồi thường); công tác chuẩn bị bồi thường theo Luật Đất đai (lập, thẩm định và trình phê duyệt hệ số điều chỉnh giá đất; lập, thẩm định và trình phê duyệt dự án bồi thường; phương án bồi thường, hỗ trợ và tái định cư...) nên đa số các dự án (42/59 dự án) dừng lại ở các bước chuẩn bị đầu tư, chỉ có 17/59 dự án được phê duyệt dự án bồi thường để triển khai thực hiện công tác tiếp theo để chi trả bồi thường.
