Theo báo cáo, vào chiều 24-6, chuyến bay AIQ645 của Thai AirAsia lăn ra vị trí đầu đường băng 11R để chuẩn bị chạy đà cất cánh từ Hà Nội đi Bangkok (Thái Lan). Cùng thời điểm, kíp trực không lưu cũng đang điều phối chuyến bay nội địa vừa hạ cánh xuống đường băng 11L (song song với 11R).
Kíp trực không lưu đã yêu cầu tổ bay AIQ645 dừng chờ huấn lệnh cất cánh, đồng thời cấp huấn lệnh cho chuyến bay nội địa cắt qua đường băng 11R để sang đường lăn S8 và đi vào sân đỗ. Tuy nhiên, tổ bay của Thai AirAsia chỉ nhắc lại huấn lệnh bay mà không nhắc lại nội dung chờ huấn lệnh khởi hành. Kíp trực không lưu cũng không phát hiện ra tổ bay bỏ sót huấn lệnh này.
Hậu quả, tổ bay AIQ645 thực hiện chạy đà cất cánh trên đường băng 11R trong lúc chuyến bay nội địa cũng đang lăn cắt qua đường băng này. Đây là tình huống nguy hiểm.
Theo tường trình của tổ bay AIQ645, thời điểm máy bay nhấc bánh mũi và rời mặt đất thì vị trí của máy bay nội địa cũng đang ở giữa giao điểm đường băng 11R và đường lăn S8, khoảng cách giữa 2 máy bay khoảng 1.500m. Thời điểm trên, hệ thống giám sát mặt sân đã phát cảnh báo đỏ đối với 2 chuyến bay AIQ645 và chuyến bay nội địa. Sau khi phát hiện vụ việc, kiểm soát viên không lưu không có hành động gì để xử lý tình huống.
Cục Hàng không Việt Nam xác định kíp trực không lưu đã không thực hiện báo cáo sự cố theo quy định. Đến ngày 30-6 (7 ngày sau vụ việc), Công ty Quản lý bay miền Bắc mới chuyển thông tin cho Ban An toàn của Tổng công ty Quản lý bay Việt Nam (VATM).
Cục Hàng không Việt Nam đã yêu cầu dừng hoạt động điều hành bay của toàn bộ kíp trực không lưu liên quan đến sự cố ngày 24-6. Hiện các cơ quan chức năng đang tiếp tục xác định nguyên nhân và đánh giá mức độ nghiêm trọng của vụ việc.