Theo Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, trong những năm qua, gỗ khai thác từ rừng trồng trong nước là nguồn cung chủ yếu và quan trọng, đáp ứng khoảng 75% nhu cầu nguyên liệu, giúp cho ngành công nghiệp chế biến và xuất khẩu gỗ của Việt Nam liên tục tăng trưởng. Năm 2021, giá trị xuất khẩu nhóm ngành hàng này đạt 16,3 tỷ USD, tăng 19,8% so với năm 2020. Qua đó, đã góp phần cải thiện đời sống, nâng cao thu nhập cho người dân nghèo sinh sống ở vùng sâu, vùng xa, nơi có điều kiện khó khăn, đồng thời góp phần phát triển kinh tế xã hội của đất nước.
Theo quy định tại các Điều 15, 16 và 20 của Thông tư 27 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn về quản lý, truy xuất nguồn gốc lâm sản thì gỗ có nguồn gốc từ cây phân tán, vườn, rừng trồng trong nước đã đảm bảo về nguồn gốc hợp pháp, người dân tự quyết định việc khai thác, tự lập bảng kê lâm sản, tự do lưu thông và không phải xác nhận về nguồn gốc của cơ quan quản lý nhà nước. Việc xác minh nguồn gốc gỗ khai thác trong nước theo phương pháp kiểm tra, xác minh thông qua UBND cấp xã và các cơ quan liên quan của cơ quan thuế là chưa phù hợp.
Ngoài ra, theo văn bản ngày 22/5/2020 của Tổng cục Thuế xác định các doanh nghiệp và ngành nghề có rủi ro trong việc hoàn thuế VAT. Trong đó chỉ đánh giá trên cơ sở các công ty sản xuất và kinh doanh ván dán. Tuy nhiên hiện nay, các doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu các sản phẩm đồ mộc nội thất, ngoại thất, dăm gỗ và viên nén đều bị xem xét là có nguy cơ rủi ro cao trong việc hoàn thuế VAT. Do vậy, cơ quan thuế cần có những đánh giá kỹ lưỡng hơn trong việc phân loại, áp dụng rủi ro đối với các sản phẩm gỗ, nhất là đối với các doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu có uy tín.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng cho rằng, theo quy định tại khoản 2 Điều 73, Điều 75 Luật Quản lý thuế năm 2019: Hồ sơ hoàn thuế thuộc loại rủi ro về thuế cao theo phân loại quản lý rủi ro trong quản lý thuế là hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế; thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế chậm nhất là 40 ngày kể từ ngày cơ quan quản lý thuế có thông báo bằng văn bản về việc chấp nhận hồ sơ, cơ quan quản lý thuế phải quyết định hoàn thuế cho người nộp thuế hoặc không hoàn thuế cho người nộp thuế nếu hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế. Do đó, việc các cơ quan thuế tiến hành xác minh nguồn gốc gỗ của các chủ rừng là hộ gia đình, cá nhân và giải quyết hoàn thuế VAT kéo dài nhiều tháng đã gây khó khăn cho các doanh nghiệp ngành chế biến, xuất khẩu gỗ.
Để giảm bớt khó khăn, tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp, nhất là trong bối cảnh ảnh hưởng của dịch Covid-19 kéo dài, tình hình kinh tế trong nước và thế giới khó khăn, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị Bộ Tài chính xem xét, chỉ đạo các cơ quan hỗ trợ các doanh nghiệp trong việc thực hiện các chính sách liên quan đến thuế VAT.
Trước đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn nhận được văn bản của Hiệp hội Gỗ và Lâm sản Việt Nam về việc tháo gỡ khó khăn đối với việc xác nhận nguồn gốc gỗ rừng trồng trong việc hoàn thuế VAT.
Những khó khăn, vướng mắc trong việc xác minh nguồn gốc để hoàn thuế VAT đối với mặt hàng gỗ có nguồn gốc từ rừng trồng trong nước theo chỉ đạo của Tổng cục Thuế, từ đó dẫn đến ách tắc trong hoạt động sản xuất và xuất khẩu các sản phẩm đồ gỗ có nguồn gốc từ rừng trồng trong nước.