Cụ thể, việc khai thác tuyến gặp nhiều khó khăn, bất cập làm ảnh hưởng đến sự lựa chọn của hành khách như Cảng Sài Gòn-Hiệp Phước ở khá xa trung tâm, phải thực hiện trung chuyển hành khách; khách tự di chuyển mất phí vào cảng; vấn đề thời tiết...
Tuyến tàu cao tốc từ Thành phố Hồ Chí Minh đi Côn Đảo khai thác từ giữa tháng 5-2024. Tại Thành phố Hồ Chí Minh, tàu xuất bến tại Cảng Sài Gòn-Hiệp Phước (huyện Nhà Bè), cách trung tâm thành phố hơn 20 km; trong khi tại Côn Đảo tàu khởi hành tại Cảng Bến Đầm.
Tuyến này khai thác với phương tiện vận chuyển là siêu tàu Thăng Long, sức chứa 1.017 hành khách. Giá vé từ 615.000 đến 1,1 triệu đồng/lượt; khai thác 3 chuyến/tuần (cách ngày) xuất phát tại mỗi cảng.
Tàu khởi hành lúc 7 giờ sáng từ TPHCM và lúc 13 giờ từ Côn Đảo.
