Bên cạnh đó, cần có biện pháp can thiệp để bảo vệ các rạn san hô ở khu vực này.
Trước đó, trên nhiều trang mạng xã hội đăng tải các hình ảnh, clip, thông tin về một nhóm nhiếp ảnh gia, du khách đang tham quan, chụp ảnh giẫm đạp, ngồi lên các rạn san hô tại thắng cảnh Hòn Yến. Lo ngại rạn san hô ở thắng cảnh quốc gia bị xâm hại, nhiều người dân đã nhắc nhở nhưng những người này không tiếp thu, cố tình giẫm đạp, lội ra giữa vùng san hô để chụp ảnh…
Theo Trung tâm Nhiệt đới Việt - Nga, san hô ở Hòn Yến được ghi nhận có 17 loài (với 2 dòng san hô cứng và mềm) cùng nhiều loài cỏ biển, thủy sinh độc đáo. Không phải mới đây, từ nhiều năm trước, san hô Hòn Yên đã bị tác động, xâm hại bởi hoạt động đánh bắt, nuôi trồng thủy hải sản và đặc biệt là các hoạt động du lịch, tham quan tự phát của người dân, du khách.
Để bảo tồn bền vững các rạn san hô, bên cạnh xây dựng dự án cộng đồng, Phú Yên cần có những giải pháp tốt hơn trong quản lý hoạt động du lịch, tham quan của du khách; tách hoạt động nuôi trồng, khai thác thủy hải sản ra khỏi vùng bảo tồn…
