Về cảng hành khách, 27 cụm cảng thủy dự kiến có tổng công suất khoảng 36 triệu khách/năm. Trong đó, phía Bắc sẽ có 9 cụm cảng với công suất 5,85 triệu khách/năm, gồm có cụm cảng Hà Nội, Hải Phòng, Quảng Ninh, Phú Thọ, Hưng Yên, Thái Bình…
Miền Trung sẽ có 5 cụm cảng với tổng công suất 1,45 triệu khách/năm, gồm cụm cảng Hàm Rồng (Thanh Hóa), Bến Thủy (Nghệ An), Tòa Khâm (Huế), sông Hàn (Đà Nẵng), Cửa Đại - Cù Lao Chàm (Quảng Nam).
Phía Nam sẽ có 13 cụm cảng với tổng công suất 29 triệu khách/năm, trong đó có cụm cảng khách TPHCM, Đồng Tháp, Rạch Giá, Cà Mau, Mỹ Tho, An Giang, Trà Vinh, Vĩnh Long, Bến Tre…
Về cảng hàng hóa, phía Bắc có 28 cụm cảng, miền Trung có 8 cụm cảng, miền Nam có 24 cụm cảng. Để phục vụ các cụm cảng này, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam cũng quy hoạch các hành lang vận tải thủy phù hợp.
Trong số các cảng, cụm cảng được quy hoạch đến năm 2030, nhiều cảng được đưa vào quy hoạch theo đề nghị của các địa phương. Nguồn vốn đầu tư các cụm cảng sẽ thực hiện theo hình thức xã hội hóa, đối tác công - tư.