Theo đó, lãnh đạo Bộ GTVT cho biết về nguyên tắc, quy hoạch đường sắt quốc gia phải được đặt trong tổng thể mối quan hệ với các tuyến đường sắt đô thị (ĐSĐT) và các phương thức vận tải công cộng khác; bảo đảm kết nối đồng bộ với ĐSĐT để hỗ trợ gom, giải tỏa hành khách cho đường sắt quốc gia, hỗ trợ giải quyết ùn tắc giao thông tại TPHCM.
Tuy nhiên, để đảm bảo chất lượng, tiến độ lập quy hoạch, Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Danh Huy đề nghị Cục Đường sắt, đơn vị tư vấn tiếp tục điều tra, khảo sát thu thập đầy đủ thông tin liên quan. Song song đó, tiếp thu đầy đủ ý kiến của các cơ quan, đơn vị tham dự họp để hoàn thiện đồ án quy hoạch.
Trong đó, Thứ trưởng Bộ GTVT lưu ý các đơn vị liên quan nghiên cứu việc tổ chức vận tải hàng hóa không đi qua khu vực trung tâm TPHCM, vận chuyển hàng hóa từ Tân Kiên đến An Bình thông tuyến đường sắt vành đai; tuyến đường sắt vành đai có chức năng tổ chức vận chuyển hành khách. Công tác tổ chức vận chuyển hành khách đường sắt quốc gia dự kiến đi thông qua hai hành lang là An Bình - Bình Triệu - Hòa Hưng - Tân Kiên và Thủ Thiêm - Tân Kiên.
Về kết nối đường sắt giữa sân bay Tân Sơn Nhất và sân bay Long Thành, Bộ GTVT và TPHCM thống nhất trong tương lai sẽ tổ chức chạy tàu để vận chuyển hành khách giữa hai sân bay thông qua tuyến ĐSĐT số 6. Hiện tuyến ĐSĐT số 6 đang được nghiên cứu bổ sung trong đồ án điều chỉnh quy hoạch chung TPHCM và tuyến đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành; vị trí kết nối ray dự kiến tại khu vực nút giao Phú Hữu.
Tuyến đường sắt Thủ Thiêm - Long Thành sau khi đầu tư, Bộ GTVT sẽ báo cáo cấp có thẩm quyền theo hướng bàn giao UBND TPHCM quản lý, vận hành khai thác để đồng bộ với các tuyến ĐSĐT khác trong khu vực TP và phục vụ vận tải hành khách từ TPHCM đến sân bay Long Thành.
Về tuyến xuyên tâm TP phục vụ cho khu vực phía tỉnh Tây Ninh và huyện Hóc Môn, Bộ GTVT giao Cục Đường sắt, tư vấn tiếp thu ý kiến Phó Chủ tịch UBND TPHCM Bùi Xuân Cường để nghiên cứu, phân tích, đánh giá thêm sự phù hợp của tổ chức vận tải (việc kết nối đường sắt quốc gia, việc gom, giải tỏa hành khách...), bảo đảm tổ chức khai thác thuận lợi các tuyến đường sắt quốc gia và các tuyến ĐSĐT.
