Nhiệm vụ trọng tâm của Khu Nông nghiệp Công nghệ cao TP.HCM là đẩy nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ vào sản xuất, nhằm tạo ra các sản phẩm công nghệ cao phục vụ phát triển lĩnh vực trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản.
Bên cạnh đó, Khu Nông nghiệp Công nghệ cao TP.HCM cũng tập trung chọn lọc, lai tạo và sản xuất giống cây, giống con năng suất, chất lượng cao phục vụ cho sản xuất, nhất là tạo giống hoa, cây kiểng, rau ăn lá....
Cụ thể, Khu Nông nghiệp Công nghệ cao TP.HCM sẽ tiếp tục nghiên cứu, chọn lọc, lai tạo, nhập khẩu, sản xuất và cung ứng 8-10 giống rau mới có năng suất cao, chất lượng tốt, kháng sâu bệnh và phù hợp với thị trường. Hàng năm chuyển giao 5 – 6 quy trình kỹ thuật canh tác, sản xuất; cung ứng ra thị trường 500.000 đến 1 triệu cây ươm/năm; xây dựng 20-30 mô hình/năm sản xuất rau theo tiêu chuẩn VietGap và hữu cơ sinh học.
Đối với nhóm nhóm hoa, cây kiểng, Khu Nông nghiệp Công nghệ cao TP.HCM tiếp tục sưu tập, bảo tồn các giống hoa kiểng bản địa, làm nguyên liệu nghiên cứu, chọn tạo giống hoa mới, trong đó có chọn tạo giống hoa lan mới từ nguồn giống lan rừng. Tiếp tục nhập nội, thuần hóa, đưa vào sản xuất hàng năm trung bình 5 - 7 giống hoa cây kiểng mới phù hợp với nhu cầu tiêu thụ trong nước và xuất khẩu, phù hợp với phát triển nông nghiệp đô thị.
Ông Phạm Đình Dũng, Trưởng Ban Quản lý Khu Nông nghiệp Công nghệ cao TP.HCM cho biết: "Hiện tại, chúng tôi có 4 khu, khu trồng trọt hiện hữu thì phát triển giống cây trồng, cây ăn trái, giống thủy sản nước ngọt. Còn khu ở huyện Cần Giờ thì chúng tôi sẽ phát triển các loại nhuyễn thể, các loại giống cá, tôm. Còn khu chăn nuôi thì chúng tôi sẽ triển khai ở huyện Bình Chánh trong thời gian tới".
