Bộ GTVT cho biết, nguyên nhân ngập là do đập sông Phan (nằm cách vị trí ngập 8,6km) sau khi đưa vào vận hành đã gây biến đổi dòng chảy phía hạ lưu. Từ vị trí cống về phía hạ lưu cầu sông Phan lòng sông, suối hiện có hệ thực vật xâm lấn, bồi lắng làm thu hẹp dòng chảy, gây dềnh ứ nước cục bộ dẫn đến mực nước tại khu vực cống dâng cao gây ngập đường.
Các chuyên gia đánh giá, đơn vị tư vấn chưa lường hết được việc thu hẹp dòng chảy phía hạ lưu cống dẫn đến dềnh ứ nước cục bộ. Việc tính toán cao độ thiết kế theo tần suất 1% tại vị trí cống mà chưa xét đến mực nước dềnh là trách nhiệm của đơn vị tư vấn mặc dù không phải là lỗi cố ý.
Các chuyên gia đề xuất: cần tổ chức thanh thải các chướng ngại vật lòng sông từ vị trí cống về phía hạ lưu cầu sông Phan để tăng khả năng thoát nước và hạ thấp cao độ mực nước dềnh tại vị trí cống. Giải pháp này có chi phí thấp, chủ đầu tư đang chỉ đạo thực hiện, hoàn thành trong tháng 8. Toàn bộ chi phí thực hiện do đơn vị tư vấn chi trả.
Các chuyên gia cũng đề nghị chủ đầu tư thuê một đơn vị tư vấn đầu ngành để tiến hành khảo sát, xây dựng mô hình cho toàn khu vực, từ đó xác định mực nước tương ứng với tần suất thiết kế của dự án, trường hợp cần thiết, có thể nâng cao độ đường đỏ khu vực ngập.