Bất cập được các hiệp hội nêu lên là, Hải Phòng (từ 2017 đến nay) và TPHCM (từ 1-4-2022 đến nay) thu phí sử dụng công trình, dịch vụ tiện ích công cộng trong khu vực cửa khẩu cảng biển (phí sử dụng hạ tầng khu vực cảng biển) không đúng đối tượng đối với hàng hóa được vận chuyển bằng phương tiện đường thủy nội địa, vì hàng hóa được vận tải bằng phương tiện đường thủy nội địa không sử dụng hạ tầng của địa phương kết nối đến cảng biển.
Việc ban hành nghị quyết và thu phí là đúng với thẩm quyền của HĐND TP Hải Phòng, TPHCM, tuy nhiên việc thu phí với những bất cập nêu trên tác động tiêu cực đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp vận tải đường thủy nội địa và lợi ích của quốc gia; không khuyến khích hàng hóa được vận tải bằng đường thủy nội địa để giảm áp lực cho hạ tầng đường bộ, giảm ùn tắc giao thông, giảm tai nạn giao thông đường bộ kết nối đến cảng biển, giảm khí thải carbon vào môi trường...
Trước bất cập, các hiệp hội đại diện cho cộng đồng doanh nghiệp vận tải đường thủy nội địa đã có nhiều văn bản báo cáo đến 2 thành phố nêu trên, đồng thời gửi văn bản báo cáo Phó Thủ tướng Chính phủ và các bộ, ngành liên quan, đại biểu Quốc hội. Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội cũng đã có văn bản gửi HĐND, UBND TP Hải Phòng và TPHCM.
Mặc dù nhận được văn bản của các hiệp hội, ý kiến của các bộ, ngành, Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội và chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Hải Phòng và TPHCM vẫn tiếp tục thu phí không đúng đối tượng, không có văn bản trả lời đến các hiệp hội, không tổ chức đối thoại, làm rõ bất cập khi thu phí không đúng đối tượng đối với hàng hóa vận tải bằng đường thủy nội địa.
Để hỗ trợ các doanh nghiệp liên quan đến vận tải đường thủy nội địa, đảm bảo lợi ích chung của quốc gia, các hiệp hội, doanh nghiệp kiến nghị Chủ tịch Quốc hội chỉ đạo Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội và các cơ quan có liên quan giám sát việc ban hành văn bản pháp luật theo chức năng, nhiệm vụ đã được pháp luật quy định; dành thời gian làm việc trực tiếp với các hiệp hội về những nội dung trên.
