Ban hành các quy định riêng, đặc thù đối với bến thủy nội địa hoạt động thể thao, vui chơi giải trí, bến đò, bến hộ gia đình, không mục đích kinh doanh; các bến có phương tiện vận tải hành khách công cộng bằng đường thủy; phương tiện vào, ra cảng, bến nhiều lần trong ngày; phương tiện chạy đối lưu tại các cảng, bến trong cùng địa bàn quản lý.
Theo UBND TPHCM, tính đến thời điểm năm 2018, trên địa bàn thành phố có 92 tuyến đường thủy nội địa địa phương với tổng chiều dài 598,7km. Như vậy, so với quy hoạch tại Quyết định số 66/2009/QĐ-UBND đã tăng thêm 5 tuyến (do chuyển đổi từ tuyến quốc gia sang tuyến địa phương và tuyến địa phương sang tuyến hàng hải).
Trong 92 tuyến đường thủy nội địa địa phương, chỉ có 8 tuyến (với chiều dài 39,3km) đạt cấp quy hoạch. Một số tuyến có cầu bắc qua với tĩnh không thấp hoặc chướng ngại vật đã làm cản trở phương tiện thủy lưu thông như cầu Bình Lợi trên sông Sài Gòn, cầu Rạch Dơi trên tuyến rạch Dơi - sông Kinh, tuyến Nhiêu Lộc - Thị Nghè, tuyến Giồng Ông Tố (vướng đập Nam Lý)…
Tính đến thời điểm hiện nay, TPHCM có 385 cảng, bến thủy nội địa được cấp phép hoạt động, gồm 203 bến kinh doanh vật liệu xây dựng; 81 bến vận chuyển hành khách; 29 bến khách ngang sông; 48 bến hàng hóa và 24 bến neo đậu, sửa chữa phương tiện, huấn luyện, tập
kết rác.
kết rác.
Về tuyến buýt đường thủy chưa có tiêu chí riêng cho quản lý hoạt động của loại hình vận tải này. Các doanh nghiệp vận tải thủy đa số còn nhỏ lẻ, phần lớn là phương tiện cá nhân nên đã hạn chế đến sức cạnh tranh cũng như việc tham gia vận tải đường thủy.
Ngoài ra, việc tham gia tổ chức vận chuyển đa phương thức, logistics còn nhiều hạn chế, chưa hình thành các cảng cạn cỡ lớn gắn với phương thức vận tải chủ đạo bằng đường thủy nội địa. Thói quen tập trung vào hàng rời đã hạ thấp tiềm năng loại hình vận chuyển container bằng đường thủy nội địa.
