Theo tính toán của Bộ Giao thông Vận tải (GTVT), trong số nguồn vốn cho dự án này, bao gồm chi phí giải phóng mặt bằng là 1,98 tỷ USD; chi phí xây dựng 31,58 tỷ USD, chi phí thiết bị 15 tỷ USD; chi phí quản lý dự án, tư vấn, khác 5,82 tỷ USD; chi phí dự phòng 4,07 tỷ USD. Để bảo đảm hiệu quả đầu tư và phù hợp với khả năng cân đối nguồn lực, nhu cầu vận tải, Bộ Giao thông Vận tải cũng đưa ra phương án phân kỳ đầu tư.
Cụ thể, giai đoạn 1 đầu tư đoạn Hà Nội - Vinh và đoạn Nha Trang -Thành phố Hồ Chí Minh, có chiều dài 665km. Tổng mức đầu tư dự kiến 24,72 tỉ USD, trong đó chuẩn bị đầu tư cho toàn tuyến giai đoạn 2020-2026, thi công giai đoạn 2027-2031, đưa vào khai thác khoảng năm 2032; Giai đoạn 2 đầu tư đoạn Vinh - Nha Trang để nối thông toàn tuyến, chiều dài 894km, tổng mức đầu tư dự kiến 33,99 tỉ USD, trong đó khoảng năm 2040 đưa vào khai thác đoạn Vinh - Đà Nẵng; khoảng năm 2045-2050 khai thác đoạn Đà Nẵng - Nha Trang.
Ông Nguyễn Quyết Tiến, Cục trưởng Cục Tài chính doanh nghiệp, Bộ Tài chính nêu giải pháp cho các giai đoạn triển khai dự án: “Để hiện thực hóa mục tiêu đầu tư xây đựng đường sắt cao tốc Bắc – Nam, từ bây giờ chúng ta phải thực hiện khâu chuẩn bị. Tôi cho rằng, quan trọng nhất là công nghệ nào. Tiếp đó là nguồn lực, bao gồm nhân lực và nguồn lực tài chính. Khi có nguồn lực thì có hạ tầng tốt, thì xây dựng công nghiệp hỗ trợ và triển khai đầu tư sớm, hiệu quả. Tránh kéo dài như các đường sắt trên cao chúng ta đã có bài học, do chưa chuẩn bị các khâu”.
Tại buổi công bố quy hoạch mạng lưới đường sắt thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050 vào hồi đầu tháng 11 năm ngoái, theo Bộ trưởng Bộ Giao thông Vận tải Nguyễn Văn Thể, quy hoạch đường sắt đã xác định, từ nay đến năm 2030 sẽ triển khai hai đoạn ưu tiên của dự án đường sắt tốc độ cao Bắc-Nam (đoạn Hà Nội-Vinh và Nha Trang - TP.HCM).
Bộ Giao thông Vận tải sẽ tích cực tham mưu để Quốc hội thông qua chủ trương đầu tư trong nhiệm kỳ này. Trong nhiệm kỳ tới sẽ tập trung lập dự án, giải phóng mặt bằng cho dự án. Mục tiêu có thể khởi công một số gói thầu của 2 đoạn ưu tiên (Hà Nội – Vinh và Nha Trang – TP.HCM) trong các năm 2028-2029. Về nguồn vốn cho dự án, Bộ trưởng Nguyễn Văn Thể cho biết sẽ tham mưu để bố trí cho ngành đường sắt nguồn vốn đầu tư 240.000 tỷ đồng trong giai đoạn 2021-2030.
“Với 240.000 tỷ đồng như đề xuất bố trí, sẽ duy trì hoạt động cho 7 tuyến đường sắt, nghiên cứu mới 9 tuyến đường sắt. Khởi công 1 số đoạn trên tuyến đường sắt Bắc – Nam tốc độ cao (đoạn Hà Nội – Vinh và TP HCM – Nha Trang). Đây là những chỉ số cụ thể chúng tôi sẽ tập trung nghiên cứu, khi đủ điều kiện sẽ triển khai thực hiện. Dự kiến với số vốn bố trí cho giai đoạn 2021-2030 là 240.000 tỷ đồng” - Bộ trưởng Nguyễn Văn Thể nói.
Theo tính toán của Bộ GTVT, số tiền còn lại sẽ bố trí sang các giai đoạn tiếp theo đến khi hoàn chỉnh hệ thống đường sắt đồng thời đề xuất với Chính phủ cơ chế huy động các nguồn vốn khác ngoài ngân sách Nhà nước như vốn ODA, vốn các nhà đầu tư, vốn xã hội để thực hiện quy hoạch.