Theo đó, hiện nay công tác cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, nhà và tài sản trên đất còn gặp một số khó khăn, như các vấn đề vướng mắc về pháp lý, nhà đất của người dân còn tồn đọng từ nhiều năm trước qua các thời kỳ chưa xử lý dứt điểm, Luật Đất đai 2013 đã tháo gỡ nhiều khó khăn nhưng nhiều trường hợp người dân vẫn chưa được cấp giấy chứng nhận, mặc dù họ sử dụng đất đai ổn định không tranh chấp.
Luật Đất đai 2013 và Luật Nhà ở năm 2014 có một số quy định mới, có cách hiểu khác nhau, do đó việc vận dụng giải quyết hồ sơ hiện còn khó khăn. Các văn bản pháp luật liên quan đến xử lý vi phạm xây dựng khi cấp giấy chứng nhận còn chồng chéo. Văn bản pháp luật còn một số điểm hướng dẫn chưa rõ dẫn đến nhiều cách hiểu khác nhau.
Bên cạnh đó, tốc độ đô thị hóa nhanh, tình hình biến động đất đai trên địa bàn TPHCM tăng nhiều, trong khi đó hạ tầng kỹ thuật chưa tương xứng với cơ sở dữ liệu đã xây dựng và mức độ cập nhật thông tin đăng ký, việc cập nhật, chia sẻ thông tin chưa đồng bộ. Đa số các chi nhánh Văn phòng đăng ký các quận - huyện còn “ké” dữ liệu trên hệ thống server của văn phòng UBND các quận huyện nên việc sao lưu, nâng cấp dữ liệu… còn gặp nhiều khó khăn.
Trong năm 2017, Văn phòng Đăng ký đất đai TP đã cấp giấy chứng nhận cho 24.987 hồ sơ cấp lần đầu đối với cá nhân; 1.139 giấy chứng nhận thuộc các dự án; giải quyết hơn 18.600 hồ sơ cấp đổi, cấp lại giấy chứng nhận đối với tổ chức và hơn 335.000 hồ sơ đối với cá nhân…
Để tháo gỡ khó khăn tồn tại, trong năm 2018, Văn phòng Đăng ký Đất đai TPHCM tiếp tục cải cách thủ tục hành chính, nâng cấp phần mềm để đáp ứng yêu cầu người dân…