Theo UBND TP Hà Nội, tháng 7/2021, nhà thầu liên danh Hyundai - Ghella lấy lý do hiện còn vướng mặt bằng tại ga S11 (nhà 23 Quốc Tử Giám, Đống Đa) và các hộ dân bị ảnh hưởng bởi tuyến hầm chưa được di dời (do khung chính sách đền bù chưa được phê duyệt) nên đã tạm dừng thi công trên toàn bộ gói thầu (bao gồm ga S12).
Lãnh đạo thành phố và các bên liên quan đã có nhiều cuộc họp để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc, đẩy nhanh tiến độ dự án nói chung và riêng hạng mục nhà ga S12. Đầu tháng 8, Hà Nội thành lập Tổ công tác liên ngành để tăng cường phối hợp xử lý các vấn đề khó khăn, vướng mắc nhằm thúc đẩy tiến độ dự án đường sắt đô thị thí điểm đoạn Nhổn - ga Hà Nội.
Ban quản lý đường sắt Hà Nội (MRB) đã chủ động đàm phán với các nhà thầu để báo cáo thành phố về chi phí bổ sung. Tuy nhiên, hiện gói thầu thi công hầm và ga ngầm tuyến đường sắt đô thị thí điểm, đoạn Nhổn - ga Hà Nội chưa được thi công trở lại.
Ga ngầm S12 là một trong bốn ga ngầm (ba ga còn lại S9, S10 và S11) của dự án, được quận Hoàn Kiếm bàn giao mặt bằng để quây rào thi công nửa phía Bắc từ giữa năm 2019.
Trong quá trình thi công, nhà thầu liên danh Hyundai - Ghella liên tục phát hiện hệ thống hạ tầng kỹ thuật được chôn ngầm dọc vỉa hè, do đó đến tháng 9/2019 mặt bằng mới chính thức được bàn giao.
Thi công trong điều kiện mặt bằng chật hẹp, vẫn phải đảm bảo giao thông trên đường Trần Hưng Đạo nên ga ngầm S12 phải thi công lần lượt theo từng nửa nhà ga. Ngoài đảm bảo giao thông cho phần đường còn lại không bị rào chắn, các đơn vị thi công cũng phải đảm bảo điều kiện sinh hoạt cho các đơn vị và người dân quanh dự án.
Đây không phải lần đầu gói thầu thi công hầm và ga ngầm bị ảnh hưởng tiến độ do chậm bàn giao mặt bằng. Tháng 4/2019 nhà thầu từng nêu khó khăn do chậm được giải ngân và bàn giao mặt bằng, đồng thời yêu cầu chủ đầu tư bồi thường khoảng 81 triệu USD. Tại thời điểm đó, chủ đầu tư cho rằng việc chậm giải ngân không ảnh hưởng đến chất lượng công trình, tuy nhiên có thể ảnh hưởng tiến độ công việc.
Hôm 16/9, Ban quản lý đường sắt Hà Nội đã phát đi thông tin việc không kịp khai thác đoạn trên cao (từ Depo Nhổn đến ga S8 - trước cổng Đại học Giao thông Vận tải) vào cuối năm 2021 như dự kiến ban đầu do những khó khăn khách quan bởi dịch Covid -19.
Với 4 km đi ngầm (từ ga S9, Kim Mã đến ga S12 - ga Hà Nội) theo kế hoạch sẽ đưa vào khai thác cuối năm 2022, nhưng với việc nhà thầu tạm dừng thi công và những vướng mắc chưa được giải quyết thì việc đưa vào khai thác cũng khó khả thi.
Được khởi công từ tháng 9/2010, dự án đường sắt đô thị thí điểm, đoạn Nhổn - ga Hà Nội dài 12,5 km, gồm 8,5 km trên cao và 4 km đi ngầm, đi qua quận Bắc Từ Liêm, Nam Từ Liêm, Cầu Giấy, Ba Đình, Đống Đa, Hoàn Kiếm.