Kết quả kiểm toán cho thấy, công ty mẹ IDICO và các công ty con đang quản lý và sử dụng 74 khu đất được Nhà nước giao, cho thuê với tổng diện tích 45,37 triệu m2. Qua kiểm tra số liệu báo cáo của các đơn vị và chọn mẫu hồ sơ quản lý sử dụng đất tại đơn vị, về cơ bản các khu đất IDICO được giao quản lý và sử dụng có đầy đủ hồ sơ pháp lý, sử dụng đúng mục đích.
Riêng khu đất có diện tích 59.617m2 tại xã Tịnh Khê, huyện Sơn Tịnh, tỉnh Quảng Ngãi được Công ty TNHH MTV Xây dựng IDICO thuê đất theo Quyết định 1304 năm 2010 của UBND tỉnh Quảng Ngãi để làm mỏ đá Puzơlan, thời gian thuê đất từ tháng 10-2011 đã hết thời hạn ổn định giá tính tiền thuê đất nhưng chưa được điều chỉnh lại đơn giá theo quy định.
Kiểm toán tại các dự án nhà ở đô thị như khu căn hộ Tân Phú, khu dân cư An Hòa, khu nhà ở công nhân KCN Nhơn Trạch, khu dân cư phường 6, thành phố Tân An mở rộng, khu nhà ở chung cư Hiệp Phước…; và một số dự án KCN: Phú Mỹ II, Nhơn Trạch V, KCN Cầu Nghìn, Nhơn Trạch 1, Quế Võ II, do IDICO thực hiện, cơ quan kiểm toán kết luận các dự án nhà ở đô thị thực hiện đã tuân thủ quy hoạch sử dụng đất, quy hoạch xây dựng được phê duyệt, thực hiện chuyển nhượng theo quy định. Việc xác định ưu đãi miễn, giảm tiền sử dụng đất với các KCN cũng được thực hiện đúng quy định.
Tuy nhiên, tại một số đơn vị được kiểm toán có hoạt động đầu tư kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN được Nhà nước cho thuê đất trả tiền hàng năm nhưng đã cho thuê lại đất sau đầu tư kết cấu hạ tầng theo hình thức thuê đất thu tiền một lần cho cả thời gian thuê trước ngày 1-7-2014. Nhưng tại thời điểm kiểm toán, các đơn vị thuộc IDICO chưa thực nhiện nộp tiền thuê đất một lần theo quy định tại Khoản 9, Điều 3 Nghị định 135/2016/NĐ-CP. Trên cơ sở số tiền bồi thường, GPMB chưa được hạch toán vào chi phí sản xuất kinh doanh theo sổ sách kế toán, IDICO và các công ty con đã tạm xác định và đề nghị được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp tại KCN Phú Mỹ II 18,9 tỷ đồng, KCN Nhơn Trạch V 29,3 tỷ đồng.
Còn lại, theo đơn giá thuê đất trong các hợp đồng thuê, và thông báo đơn giá thuê đất của các địa phương, với thời gian tính tiền thuê đất từ ngày 1-1-2016 đến hết thời gian cho thuê lại đất, diện tích tính tiền thuê đất theo hợp đồng thuê, đoàn Kiểm toán Nhà nước xác định số tiền thuê đất phải nộp một lần của IDICO và các công ty con là 254,3 tỷ đồng. Trong đó, Công ty mẹ IDICO phải nộp tiền thuê đất tại KCN Phú Mỹ II khoảng 62 tỷ đồng; KCN Nhơn Trạch V khoảng 51,9 tỷ đồng. Công ty TNHH MTV Phát triển đô thị và khu công nghiệp IDICO phải nộp 77,8 tỷ đồng tại KCN Kim Hoa; nộp 62,4 tỷ đồng tại KCN Nhơn Trạch I.
Đối với CTCP Đầu tư phát triển đô thị và KCN Quế Võ IDICO, đoàn kiểm toán xác định, công ty này đã ký kết hợp đồng cho CTCP Thiết bị và Vật liệu xây dựng Hancorp thuê lại đất có kết cấu hạ tầng theo hình thức thu tiền một lần với diện tích 40.000m2, căn cứ vào giá thuê đất tạm tính, xác định được số tiền thuê đất mà công ty này phải nộp vào NSNN 5,1 tỷ đồng. Ngoài ra CTCP Đầu tư phát triển đô thị và KCN Quế Võ IDICO đã ký hợp đồng thu tiền thuê đất có hạ tầng một lần với 4 công ty khác, đó là CTCP Vipaco, CTCP Innotek, CTCP sản xuất phụ tùng ô tô và thiết bị công nghiệp JAT, Công ty Thép chính xác Sunway.
Đến thời điểm kết thúc kiểm toán, cơ quan kiểm toán cũng ghi nhận, công ty mẹ đã nộp NSNN tiền thuê đất phải nộp một lần tại KCN Nhơn Trạch V số tiền 8,4 tỷ đồng. Công ty TNHH MTV Phát triển đô thị và khu công nghiệp IDICO đã nộp NSNN tiền thuê đất một lần 585,8 triệu đồng tại KCN Nhơn Trạch I, nộp 3,8 tỷ đồng tiền thuê đất tại KCN Kim Hoa.
Không chỉ nợ tiền thuê đất, qua kiểm toán cũng phát hiện IDICO và các công ty con nợ thuế GTGT 1,2 tỷ đồng, nợ thuế thu nhập DN 1,3 tỷ đồng, nợ thuế thu nhập cá nhân 58 triệu đồng, số lợi nhuận còn lại phải nộp NSNN sau khi trích lập các quỹ khoảng 1,8 tỷ đồng.
Kết quả kiểm toán ghi nhận, trong năm 2016, Tổng công ty IDICO đạt doanh thu khoảng 10.590 tỷ đồng, bằng 223% so với thực hiện năm trước. Tổng lợi nhuận trước thuế đạt 535 tỷ đồng, bằng 178% năm 2015. Tổng công ty IDICO đã bảo toàn được vốn nhà nước, trong hoạt động sản xuất kinh doanh có lợi nhuận và đạt hiệu quả. Tổng doanh thu, lợi nhuận trước thuế IDICO tăng đột biến trong năm 2016 phần nào đến từ khoản thu về khi chuyển nhượng dự án Nhà máy thủy điện Đak Mi 4.
