Trong Kết luận thanh tra (04/KLTTT-P6), Thanh tra đã nêu ra một loạt sai phạm về sử dụng đất tại Samco, như sử dụng không đúng mục đích thuê theo hợp đồng thuê đất và Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đối với 2 mặt bằng ở 01 Xa lộ Hà Nội, phường Hiệp Phú, quận 9 và số 444-448 đường Nguyễn Chí Thanh, phường 6, quận 10. Việc này vi phạm quy định tại Khoản 1, Điều 170 Luật Đất đai 2013 quy định về nghĩa vụ chung của người sử dụng đất phải sử dụng đất đúng mục đích.
Samco cũng bị xác định là cho các đơn vị thuê lại và chưa xin ý kiến của UBND TPHCM đối với 3 mặt bằng nhà đất số 1450 đường Võ Văn Kiệt, phường 1, quận 6; số 444-448 đường Nguyễn Chí Thanh, phường 6, quận 10; số 1135 Quốc lộ 1A, khu phố 5, phường Tân Tạo, quận Bình Tân. Việc này vi phạm quy định tại Điều 175 Luật Đất đai 2013, quy định các quyền và nghĩa vụ của tổ chức thuê đất ký hợp đồng thuê đất hàng năm, không có quyền cho thuê tài sản (mặt bằng) trên đất.
Ngoài ra, Samco còn không thực hiện các thủ tục liên quan việc sử dụng và khai thác mặt bằng số 264 đường Trần Hưng Đạo, phường Nguyễn Cư Trinh, quận 1 - thực hiện không đúng chỉ đạo của UBND TP tại giấy chứng nhận đầu tư số 411022000718 chứng nhận lần đầu ngày 24-6-2013.
Ngoài ra, Công ty TNHH MTV Cảng Bến Nghé, công ty thành viên của Samco, đã bị lực lượng Thanh tra chỉ ra nhiều sai phạm trong hoạt động kinh doanh. Cụ thể, Công ty Cảng Bến Nghé hợp tác với Tổng công ty Tân Cảng Sài Gòn và các cổ đông khác góp vốn thành lập CTCP Tân Cảng - Phú Hữu với hình thức cho CTCP Tân Cảng Phú Hữu thuê lại toàn bộ Cảng Phú Hữu thực chất là hợp tác thành lập pháp nhân mới. Sau đó, Cảng Bến Nghé cho thuê lại cơ sở hạ tầng nêu trên là thực hiện không đúng ý kiến của UBND TPHCM.
Theo kết luận thanh tra, UBND TPHCM chỉ cho phép Công ty Cảng Bến Nghé hợp tác với Tổng công ty Tân Cảng Sài Gòn, không phải hợp tác với CTCP Tân Cảng - Phú Hữu. Do đó, việc Công ty Cảng Bến Nghé cho CTCP Tân Cảng - Phú Hữu thuê toàn bộ cơ sở hạ tầng của cảng Phú Hữu là không đúng đối tượng, không đúng quy định.
Công ty Cảng Bến Nghé cũng chỉ định thầu đối với gói thầu tư vấn đo vẽ hiện trạng và xác định giá trị % còn lại công trình tại Công ty Cảng Bến Nghé với giá trị 591 triệu đồng. Việc này không đúng quy định chỉ định thầu đối với gói thầu vượt trên hạn mức chỉ định thầu. Bởi theo Luật Đấu thầu, việc chỉ định thầu chỉ được thực hiện với những gói thầu không quá 500 triệu đồng.
Việc xác định giá trị doanh nghiệp của Công ty Cảng Bến Nghé cũng có nhiều sai sót. Cụ thể, công ty tham gia xác định tỷ lệ chất lượng tài sản còn lại không có thẻ thẩm định viên về giá. Máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải, hệ thống điện… đang hoạt động nhưng được đánh giá tỷ lệ chất lượng còn lại chỉ là “20%”, đây là tỷ lệ chất lượng còn lại tối thiểu. Do đó, lực lượng thanh tra cho rằng, việc xác định tỷ lệ chất lượng còn lại của tài sản của Công ty Cảng Bến Nghé không hợp lý và chưa có căn cứ.
Được biết, Văn phòng UBND TPHCM cũng đã có văn bản truyền đạt ý kiến của Chủ tịch UBND TP Nguyễn Thành Phong, đồng ý với kết luận của nội dung thanh tra và yêu cầu làm rõ trách nhiệm các cá nhân lãnh đạo qua các thời kỳ đã để xảy ra sai phạm.
