Những hành vi vi phạm chủ yếu về điều kiện vệ sinh cơ sở, điều kiện bảo quản, trang thiết bị dụng cụ, giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện VSATTP và nguyên liệu thực phẩm không đảm bảo.
Tại TPHCM, cơ sở kinh doanh trà sữa phải có đăng ký kinh doanh, được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện VSATTP. Nguyên liệu pha chế trà sữa phải có nguồn gốc, xuất xứ rõ ràng. Tuy nhiên, đối với các cơ sở kinh doanh nhỏ lẻ, hộ kinh doanh tự phát, các xe đẩy lề đường thường không đăng lý kinh doanh, thường gọi là trà sữa nhà làm.
Theo BQL An toàn thực phẩm TPHCM, thành phần trà sữa hiện nay vẫn còn nhiều nơi tại TPHCM bày bán không rõ nguồn gốc, nhất là bột sữa. Các chất hương liệu, chất phụ gia nếu có trong danh mục các chất được sử dụng chưa được đảm bảo về hàm lượng trong ngưỡng cho phép cũng như khuyến cáo về liều lượng sử dụng. Các hạt trân châu khó hấp thu, chưa được tiêu hóa.
