Trước đó, UBND TP Hà Nội đã giao Công ty TNHH MTV thoát nước Hà Nội khảo sát, chuẩn bị thi công. Công ty thoát nước xác định lượng bùn tích tụ trong lòng hồ đã dồn lại rất nhiều, vượt quá mức cho phép. Tại một số điểm, bùn ở đáy hồ dày đến 1m, trong khi mực nước trong lòng hồ tại nhiều điểm chỉ còn khoảng 50 cm.
Công ty thoát nước chia hồ thành 3 vùng thi công ngăn lưới, để đảm bảo cách ly động vật thủy sinh. Về giải pháp thi công, đơn vị thi công sẽ giữ nguyên mực nước hồ, sau đó tiến hành nạo vét toàn bộ lòng hồ. Phạm vi nạo vét sẽ cách mép chân kè xung quanh hồ, kè tháp Rùa, kè đền Ngọc Sơn để đảm bảo không bị sạt lở, hư hỏng kè. Gần 100 phương tiện, máy móc được huy động thực hiện công việc.
Máy xúc trên phà nhỏ xúc bùn lên phễu chứa của xe bơm bùn công suất 80m3/h. Sau đó ống dẫn bùn nằm trên các phương tiện nổi để dẫn vào bờ. Công nhân bơm bùn từ xe bơm lên xe téc và vận chuyển đi đổ. Với những chỗ dùng phương pháp thủ công, công nhân xuống trực tiếp hồ để nạo vét. Đơn vị này dự kiến nạo vét trên 57.000m3 bùn, với chi phí khoảng 30 tỷ đồng từ nguồn ngân sách.
Những nơi bùn không đóng đặc, được máy hút hút thẳng vào xe cơ giới. Bùn được vận chuyển đến xe cơ giới.
Công đoạn cuối cùng, bùn được đưa lên xe.
Sau đó công nhân đưa vào xe thô sơ.
Công cụ máy móc, sáng cạp để hút bùn.
Những nơi bùn đóng đặc, công nhân dùng xẻng xúc bùn lên.
Bằng phương pháp thủ công, bùn đưa vào xô.