Đề xuất áp dụng đại trà hóa đơn điện tử vào năm 2018 của Bộ Tài chính khiến không ít doanh nghiệp lo ngại sẽ phát sinh những bất cập, bởi trong khi bởi chỉ còn gần 3 tháng nữa hết năm, nhưng nhiều doanh nghiệp chưa được hướng dẫn chi tiết và chưa có sự chuẩn bị cho việc chuyển sang dùng hóa đơn điện tử.
Bên cạnh đó, không ít doanh nghiệp lo ngại hạ tầng công nghệ thông tin của Việt Nam còn hạn chế, chưa đáp ứng điều kiện kết nối dữ liệu của cơ quan thuế.
Bà Trần Thị Thu Hằng – Giám đốc Công ty Cổ phần Xuất nhập khẩu nông sản Việt Nam băn khoăn: "Sử dụng hóa đơn điện tử tiện lợi, giúp doanh nghiệp tiết kiệm hơn, nhưng có nhiều vấn đề. Hiện, kê khai thuế qua mạng còn có thể bị ảnh hưởng vì mất điện hoặc nghẽn mạng nếu nhiều người cùng kê khai. Vậy khi dùng hóa đơn điện tử khi văn phòng mất điện hay trục trặc phần mềm xảy ra thì doanh nghiệp không có hóa đơn không xuất được hàng hoặc chậm trễ."
Tính đến cuối năm ngoái, cả nước có 315 doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử với hơn 2,4 triệu hóa đơn xác thực của ngành thuế. Nhiều tỉnh, thành trên cả nước đã có doanh nghiệp sử dụng hóa đơn điện tử, nhưng mới tập trung chủ yếu ở Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh và thường là các doanh nghiệp lớn hoạt động trong lĩnh vực thương mại, dịch vụ có hạ tầng công nghệ thông tin phát triển.
Theo bà Nguyễn Thị Thu Hà, Trưởng phòng Thuế giá trị gia tăng (Vụ Chính sách thuế, Tổng cục Thuế), việc chuyển hơn 4,1 tỉ hóa đơn giấy hiện nay sang hóa đơn điện tử sẽ giúp tiết kiệm rất nhiều chi phí cho xã hội, giảm thời gian làm thủ tục hành chính thuế, cũng như khắc phục tình trạng làm giả hóa đơn.
Do đó, Bộ Tài chính trình Chính phủ mở rộng đối tượng sử dụng hóa đơn điện tử có mã xác thực. Hóa đơn điện tử khi có mã xác thực của cơ quan thuế sẽ có giá trị pháp lý, doanh nghiệp không lo chuyện mua phải hàng hóa của doanh nghiệp bỏ trốn như trước đây, dẫn đến những rắc rối khi bị cơ quan thuế kiểm tra.
Mặc dù vậy, theo Luật sư Trương Thanh Đức, Chủ tịch Công ty Luật Basico, chỉ còn gần 3 tháng nữa là đến năm 2018, thời gian còn lại ngắn. Do vậy, cần có lộ trình để doanh nghiệp và cơ quan thuế có thể chuẩn bị tốt. Trong thời gian này vẫn nên cho doanh nghiệp sử dụng hóa đơn giấy và hóa đơn điện tử song song tùy trường hợp.
"Với những doanh nghiệp lớn, đầu tư công nghệ thì không sao nhưng đa số doanh nghiệp nhỏ chưa tiếp cận được nên dẫn đến tình trạng quản lý chưa đồng bộ thống nhất. Quá trình làm không tránh khỏi trục trặc nhưng theo quy định đã áp dụng hóa đơn điện tử thì không áp dụng giấy thì nên xem lại, có thể vẫn phải chấp nhận, ví dụ mất điện, mạng lỗi. Trong trường hợp ngoại lệ vẫn nên cho dùng hóa đơn giấy, sau đó nạp dữ liệu sau chứ cứ tuyệt đối hóa hết thì có thể bị ách tắc", LS. Đức cho biết.
Trước những băn khoăn của doanh nghiệp, đại diện Tổng cục Thuế cho biết không phải tất cả các doanh nghiệp đều phải dùng hóa đơn điện tử từ đầu năm 2018. Với những doanh nghiệp nằm trong nhóm rủi ro cao về thuế thì buộc phải áp dụng ngay từ tháng 1/2018. Các doanh nghiệp khác được giãn thời gian đến ngày 1/7/2018 để có thời gian chuẩn bị.