Mới đây, VCCI đã có báo cáo gửi Thủ tướng về những khó khăn lớn đang tồn tại của doanh nghiệp, đặc biệt là các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông, lâm, thủy sản, khi triển khai thực hiện Luật Thuế GTGT số 48 và các văn bản hướng dẫn thi hành.
Theo VCCI, áp dụng thuế suất 5% đối với sản phẩm nông, lâm, thủy sản sơ chế chưa phản ánh đúng bản chất GTGT. Cụ thể, theo quy định tại Điểm d, Khoản 2, Điều 9 của Luật Thuế GTGT số 48, các sản phẩm “chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường” bị áp thuế suất 5%.
Tuy nhiên, trên thực tế, các sản phẩm nông nghiệp như cà phê, tiêu, điều, tôm, cá, gỗ nguyên liệu… chủ yếu chỉ trải qua các công đoạn sơ chế như bóc vỏ, phơi, xát, sấy… không làm phát sinh GTGT thực chất.
Do vậy, việc áp thuế GTGT 5% cho nhóm hàng hóa nêu trên là chưa phù hợp với bản chất của thuế GTGT, vốn chỉ đánh vào phần giá trị tăng thêm trong quá trình sản xuất kinh doanh.
Đặc biệt, cơ chế “thu trước - hoàn sau” đang khiến các doanh nghiệp phải ứng trước một lượng vốn rất lớn cho nghĩa vụ thuế, trong khi lợi nhuận biên ở các ngành hàng này rất thấp (chỉ từ 1-3%).
Thí dụ, ngành cà phê phải tạm nộp gần 10.000 tỷ đồng thuế GTGT mỗi năm, trong khi ngành hồ tiêu phải ứng trước tới 85 triệu USD, gây áp lực tài chính nghiêm trọng lên doanh nghiệp. Điều này làm tăng giá thành xuất khẩu, khiến hàng Việt Nam mất lợi thế cạnh tranh so với các quốc gia như Brazil, Indonesia, Ấn Độ, nơi hàng nông sản thô được miễn hoặc áp thuế 0%.
Một nội dung khác được VCCI báo cáo là Luật Thuế GTGT quy định thức ăn chăn nuôi là đối tượng không chịu thuế. Tuy nhiên, nhiều cơ quan thuế địa phương vẫn áp thuế 5% đối với nguyên liệu thức ăn chăn nuôi như ngô, cám gạo, bã bia, bột cá… khi bán ở khâu thương mại.
Cách hiểu này chưa đồng bộ với Luật Chăn nuôi và Thông tư 21 sẽ làm tăng chi phí sản xuất thức ăn chăn nuôi trong nước, tạo bất lợi cạnh tranh so với hàng nhập khẩu (không chịu thuế GTGT), đồng thời làm giảm tiêu thụ nguyên liệu nông sản nội địa.
Đáng chú ý, theo VCCI, thủ tục hoàn thuế GTGT phức tạp, kéo dài và chứa đựng nhiều rủi ro pháp lý. Nhiều doanh nghiệp phản ánh việc hoàn thuế bị kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối vì lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát của họ.
Đặc biệt, quy định mới tại Luật Thuế GTGT 2024 yêu cầu bên bán phải “kê khai và nộp thuế” thì doanh nghiệp mới được hoàn thuế.
Quy định này là bất hợp lý vì chuyển giao trách nhiệm của bên bán sang bên mua – người đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ thuế. Trách nhiệm xác minh, kiểm tra thuộc về cơ quan thuế, không thể bắt doanh nghiệp “ngay tình” phải gánh rủi ro về việc vi phạm nghĩa vụ thuế của bên bán.
Ngoài ra, quy định khống chế mức hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ là không phù hợp với đặc thù mùa vụ của ngành nông nghiệp, nơi doanh nghiệp thường thu mua tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải trong nhiều tháng. Điều này khiến phần lớn thuế đầu vào không được hoàn đủ, ảnh hưởng đến tính thanh khoản và khả năng thu mua nguyên liệu từ nông dân.
Trước những vướng mắc này của doanh nghiệp, VCCI đề xuất Thủ tướng Chính phủ một số kiến nghị như, xem xét khôi phục (hoặc khôi phục có thời hạn) quy định “không phải kê khai, tính thuế” đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như đã từng được áp dụng tại Nghị định 209.
Đồng thời, kiến nghị Chính phủ giao Bộ Nông nghiệp Môi trường chủ trì phối hợp với các Bộ, ngành liên quan ban hành danh mục cụ thể các loại “sản phẩm sơ chế thông thường” cho từng ngành hàng, nhằm bảo đảm tính thống nhất trong cách hiểu và áp dụng giữa các địa phương.
Chính phủ chỉ đạo Bộ Tài chính xây dựng cơ chế hoàn thuế tự động đối với các hồ sơ hợp lệ, không có dấu hiệu gian lận, tương tự như mô hình đã được triển khai tại một số quốc gia như Ấn Độ.
Mặt khác, cần phát triển hệ thống dữ liệu điện tử liên thông giữa cơ quan thuế, hải quan và doanh nghiệp để hỗ trợ quá trình xác thực, đối chiếu nhanh chóng và chính xác. Việc số hóa quy trình hoàn thuế không chỉ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí cho doanh nghiệp mà còn hỗ trợ cơ quan quản lý tăng hiệu quả giám sát, giảm áp lực nhân lực và phòng chống gian lận thuế hiệu quả hơn.
