Theo Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận (Bộ Giao thông vận tải), đến nay, phía tỉnh Tiền Giang hiện đã bàn giao được khoảng 0,19/6,84km mặt bằng thuộc đất công và kênh rạch của xã Bình Đức (huyện Châu Thành) và xã Thới Sơn (Tp. Mỹ Tho), chưa đủ điều kiện để thi công. Phía tỉnh Bến Tre đã bàn giao 2,7/9,34 km, đạt gần 28% mặt bằng. Một số nhà ở, công trình kiến trúc chưa giải tỏa bàn giao mặt bằng, nhiều bè cá ven sông Tiền chưa di dời đến nơi khác gây cản trở công tác thi công. Hiện các nhà thầu đang thi công gói thầu XL04, XL05; trong đó, gói thầu XL04 đã hoàn thành khoan cọc nhồi mố A9 (cầu Mỹ Tho) phía Bến Tre, tiếp tục thi công mố nhô bờ Tiền Giang và Bến Tre.
Để san lấp mặt bằng dự án cầu Rạch Miễu 2, các đơn vị thi công cần khoảng 1,5 triệu khối cát. Tuy nhiên, hiện nay nguồn cát san lấp mặt bằng đang rất khó khăn và khan hiếm, ảnh hưởng tiến độ thi công. Phía Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận đã kiến nghị địa phương sớm rà soát, cấp phép các mỏ cát tại tỉnh để hỗ trợ nguồn vật liệu cát san lấp cho dự án cầu Rạch Miễu 2, đảm bảo tiến độ thi công công trình.
Công tác giải phóng mặt bằng bàn giao cho các đơn vị thi công của tỉnh Tiền Giang và Bến Tre quá chậm. Để chủ động nguồn cát san lấp dự án cầu Rạch Miễu 2 cũng như phục vụ các công trình trọng điểm của tỉnh hiện nay, UBND tỉnh Bến Tre đã giao Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh phối hợp với các cơ quan, đơn vị có liên quan khẩn trương triển khai thực hiện đấu giá quyền khai thác khoáng sản vật liệu xây dựng cát lòng sông tại 6 khu vực mỏ cát, gồm: Mỏ cát xã Quới Sơn, (huyện Châu Thanh); Mỏ cát An Hiệp - An Ngãi Tây; Mỏ cát An Đức - An Hòa Tây, (huyện Ba Tri); Mỏ cát xã Phong Nẫm (huyện Giồng Trôm) và Mỏ cát xã Thành Thới B, (huyện Mỏ Cày Nam). Tuy nhiên công tác này triển khai, thực hiện chậm chưa biết đến khi nào các mỏ cát hoạt động.
Mặt bằng dự án cầu Rạch Miễu 2 cần nguồn cát san lấp khá lớn nhưng đang khan hiếm. 
