Trong quá trình đầu tư, Bộ GTVT đã ngừng triển khai dự án (giai đoạn 2008-2016) và tiến hành phân kỳ đầu tư dự án theo 2 giai đoạn. Song khi dự án được tái khởi động năm 2017, tổng mức đầu tư đã tăng vọt lên 43.871 tỷ đồng, gấp 2,25 lần mức ban đầu.
Theo Bộ GTVT, trong giai đoạn 1, Ban quản lý dự án ĐSĐT sẽ thực hiện đầu tư toàn bộ Tổ hợp đường sắt Ngọc Hồi và đoạn tuyến Ngọc Hồi - Giáp Bát; giai đoạn 2A thực hiện xây dựng toàn bộ đoạn tuyến Giáp Bát - Gia Lâm. Tuy nhiên, do tính chất kỹ thuật phức tạp và những khó khăn, vướng mắc trong quá trình thực hiện, Chính phủ đã giao Bộ GTVT phân kỳ đầu tư dự án, trước mắt đầu tư xây dựng khu Tổ hợp Ngọc Hồi và đoạn tuyến Ngọc Hồi - Giáp Bát - ga Hà Nội. Bên cạnh đó, Thủ tướng chỉ đạo Bộ GTVT điều chỉnh dự án dựa trên góp ý của các bộ, ngành liên quan.
Như vậy, Bộ GTVT sẽ quyết định điều chỉnh việc thực hiện dự án theo các giai đoạn khác nhau của dự án. Trong đó, giai đoạn 1 có tổng mức đầu tư điều chỉnh 19.046 tỷ đồng, gần bằng với tổng mức đầu tư ban đầu của cả dự án. Riêng chi phí quản lý dự án lại được điều chỉnh giảm, trong giai đoạn 1 từ 75,9 tỷ đồng xuống 46,3 tỷ đồng; thời gian thực hiện dự án giai đoạn 1 được lùi lại từ năm 2017-2024.
Trong giai đoạn này, Ban quản lý dự án đường sắt (Bộ GTVT) chỉ tập trung thực hiện hạng mục chính là đầu tư xây dựng mới khu Tổ hợp Ngọc Hồi và đoạn tuyến Ngọc Hồi - Giáp Bát. Tổ hợp Ngọc Hồi có diện tích 158,1ha, gồm các hạng mục Xí nghiệp Tàu đô thị, Xí nghiệp Đầu máy, Xí nghiệp Toa xe hàng, Ga hàng, Xí nghiệp Bảo dưỡng cơ sở hạ tầng đường sắt đô thị, Trạm điện chính, Xí nghiệp Toa xe khách, Ga khách quốc gia và đô thị, cùng một số hệ thống hạ tầng kỹ thuật liên quan.
Như vậy, sau điều chỉnh, thời gian thực hiện dự án ĐSĐT số 1 Hà Nội giai đoạn 1 đã tăng lên 1,7 lần. Trên thực tế, dự án mới thực hiện được một số công việc như giải phóng mặt bằng (GPMB) đạt 45/151,8ha; thực hiện được một số hạng mục công việc như thiết kế kỹ thuật, rà phá bom mìn, vật liệu nổ và một số công việc tư vấn khác. Hiện khối lượng công việc tư vấn quản lý dự án còn rất nhiều, nhưng chi phí quản lý dự án chỉ còn khoảng 17,2 tỷ đồng, sẽ không đủ để chi trả cho công tác quản lý dự án.
Trong giai đoạn 2A của dự án, Bộ GTVT dự kiến đầu tư xây dựng toàn bộ tuyến ĐSĐT từ Giáp Bát - Gia Lâm để đưa vào vận hành toàn tuyến. Giai đoạn này theo phê duyệt của Bộ GTVT sẽ có tổng mức đầu tư 24.825 tỷ đồng, trong đó chi phí quản lý dự án ước tính 99,8 tỷ đồng.
Song đến thời điểm hiện tại, tiến độ thực hiện giai đoạn 2A của dự án ước đạt 0,09%, mới dừng lại ở các hạng mục công việc như tư vấn lập dự án đầu tư, thẩm tra tính hiệu quả và khả thi của dự án, trong khi chi phí quản lý dự án đã tiêu tốn khoảng 16 tỷ đồng. Bộ GTVT lo ngại sẽ thiếu chi phí quản lý dự án giai đoạn 2017-2026.
Tuyến đường sắt đô thị Cát Linh - Hà Đông đang sắp sửa được vận hành chạy thử. Việc kéo dài thời gian thi công các tuyến ĐSĐT, theo Bộ GTVT do có sự khác biệt giữa triển khai thi công ĐSĐT với các dự án giao thông thông thường. Dự án ĐSĐT có tính chất đặc thù, kỹ thuật cao, công nghệ hoàn toàn mới, các hạng mục thi công là tổ hợp của nhiều loại công trình khác nhau như giao thông (xây dựng cầu, đường sắt), công trình xây dựng dân dụng (hạng mục xây nhà ga, nhà điều hành, khu depot). Đặc biệt là các chuyên ngành thiết bị lần đầu tiên xuất hiện tại Việt Nam khiến quá trình thẩm định, phê duyệt các hồ sơ mất nhiều thời gian hơn so với công trình giao thông khác.
Các dự án ĐSĐT thường thi công trong thành phố, mặt bằng thi công hẹp, mật độ xe, người qua lại đông đúc, phương án thi công cũng như tổ chức thi công thực hiện vào ban đêm, nên thời gian thi công bị kéo dài, cần huy động nhiều nhân sự hơn dự án thông thường. Nguyên nhân nữa khiến dự án chậm tiến độ do nguồn vốn đối ứng bố trí cho công tác GPMB hàng năm không đáp ứng yêu cầu, cũng như sự phức tạp trong GPMB trên địa bàn Hà Nội.
Cụ thể, dự án ĐSĐT Hà Nội tuyến số 1, giai đoạn 1 thực hiện GPMB từ năm 2009 đến nay mới hoàn thành 21% khối lượng mặt bằng khu Tổ hợp Ngọc Hồi. Trong khi đó, kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016-2020, dự án ĐSĐT Hà Nội giai đoạn 1 chỉ được giao 5.012 tỷ đồng, trong đó vốn vay nước ngoài 4.500 tỷ đồng, vốn đối ứng phục vụ GPMB trong nước 512 tỷ đồng. Nhưng do thay đổi quy mô đầu tư, nhu cầu vốn GPMB khu Tổ hợp Ngọc Hồi hiện đã lên tới 2.310 tỷ đồng, so với kế hoạch vốn cấp còn thiếu khoảng 1.410 tỷ đồng.
