Cụ thể, theo quy định tại Điều 13 Quy chế ban hành kèm theo Quyết định số 40/2010/QĐ-TTg ngày 12-5-2010 của Thủ tướng Chính phủ thì đối với vốn ứng để thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo quy hoạch sau đó đấu giá quyền sử dụng đất thì được hoàn trả từ tiền đấu giá quyền sử dụng đất trước khi nộp vào NSNN theo quy định.
Tuy nhiên, pháp luật hiện hành đã có sự thay đổi (quy định tại Khoản 1 Điều 7, Khoản 4 Điều 8 Luật NSNN năm 2015; Khoản 2 Điều 3 Luật Quản lý thuế năm 2019; Khoản 1 Điều 15 Nghị định số 45/2014/NĐ-CP ngày 15-5-2014; Khoản 1 Điều 13 Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15-5-2014 của Chính phủ).
Theo đó, toàn bộ số thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, đấu giá quyền sử dụng đất phải được nộp đầy đủ vào NSNN, không được sử dụng trực tiếp nguồn thu này để hoàn trả vốn ứng cho Quỹ phát triển đất trước khi nộp vào NSNN.
Theo Bộ Tài chính, với quy định mới thì không được sử dụng trực tiếp nguồn thu tiền sử dụng đất, tiền thuê đất, đấu giá quyền sử dụng đất trước khi nộp vào NSNN để trích lập Quỹ phát triển đất.Do đó, Bộ Tài chính đề nghị UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chỉ đạo rà soát việc hoàn trả vốn ứng cho Quỹ phát triển đất. Nếu việc thực hiện đã triển khai theo đúng các quy định nêu trên thì UBND tỉnh, thành phố quyết định tiếp tục thực hiện. Trong trường hợp nếu chưa phù hợp thì báo cáo cấp có thẩm quyền của tỉnh, thành phố để điều chỉnh lại cho phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành.
Theo quy định mới, nguồn vốn của Quỹ phát triển đất do NSNN cấp, hỗ trợ hoặc thuộc nguồn thu NSNN phải mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước. Các khoản thu không thuộc nguồn thu NSNN được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước hoặc tổ chức tín dụng.
Kho bạc Nhà nước thực hiện kiểm soát các khoản chi hoạt động bộ máy của Quỹ phát triển đất theo cơ chế tự chủ tài chính được cấp có thẩm quyền phê duyệt đảm bảo theo đúng quy định của pháp luật về ngân sách (nếu có), không bao gồm các nội dung chi ứng vốn và hoàn trả vốn ứng của Quỹ phát triển đất.
