Lý do, việc điều chỉnh giá các hợp đồng của dự án chưa được giải quyết dứt điểm do Bộ Xây dựng vẫn chưa ban hành chỉ số giá cho công trình metro (từ khi bắt đầu dự án đến nay) dẫn đến khó khăn trong việc xác định chỉ số giá để điều chỉnh giá cho tất cả các hợp đồng. Do vậy, Ban quản lý hiện chỉ thanh toán tạm 70% giá trị điều chỉnh giá sử dụng theo chỉ số giá của Tổng cục Thống kê ban hành.
Đối với gói thầu CP3 theo quy định trong hợp đồng được ký kết giữa các bên, chỉ có thể tiến hành thanh toán khi nhà thầu hoàn thành 100% một hạng mục công việc/mốc thanh toán lớn. Trong khi đó, có những hệ thống đã được nhà thầu nhập khẩu thiết bị đến 95% khối lượng nhưng vẫn chưa thể thanh toán.
Đối với công tác thi công lắp đặt tại công trường, do đặc tính là gói thầu thiết bị, sau khi hoàn thành lắp đặt, phải có kết quả thử nghiệm hệ thống mới có thể thanh toán chứ không thể thanh toán cho phần lắp đặt thiết bị.
Do đó, tỷ lệ thanh toán của gói thầu CP3 hiện chưa theo kịp tiến độ thi công của gói thầu này. Ban quản lý dự án hiện phải hỗ trợ nhà thầu phân tách các mốc thanh toán của hợp đồng để có thể gia tăng tỷ lệ giải ngân của gói thầu này.
