Theo đó, đối với địa phận TPHCM, UBND TPHCM đề nghị giữ nguyên hướng tuyến từ ga lập tàu An Bình, tỉnh Bình Dương đến ga Tân Kiên, huyện Bình Chánh, TPHCM; từ ga Tân Kiên, tuyến đi song song đường Tân Tạo - Chợ Đệm, tuyến vượt qua Rạch Tam, sông Chợ Đệm và nút giao Chợ Đệm của dự án đường bộ cao tốc TPHCM - Trung Lương, tuyến rẽ phải và đi song song với tuyến đường bộ cao tốc TPHCM - Trung Lương.
Đối với địa phận tỉnh Long An, tuyến tiếp tục đi trên cao song song tuyến đường bộ cao tốc TPHCM - Trung Lương, vào ga Thanh Phú (là ga kết nối với nhánh đường săt ra cảng Hiệp Phước), tuyến đi trên cao vượt qua nút giao Bến Lức và sông Vàm cỏ Đông. Tuyến tục đi vượt qua khu vui chơi giải trí Happy Land và đi song song với tuyến đường bộ cao tốc vào ga Tân An. Ra khỏi ga Tân An, tuyến vưọt qua sông Vàm cỏ Tây, Quốc lộ 62 và đi hết địa phận tỉnh Long An.
Toàn bộ hướng tuyến đi qua địa phận tỉnh Tiền Giang được điều chỉnh về phía Tây so với hướng tuyến quy hoạch được duyệt. Tuyến đi vào tỉnh Tiền Giang sẽ đi chung hành lang an toàn tuyến đường bộ cao tốc (bên trái) qua ga Tam Hiệp, ga Cai Lậy và tiếp tục cặp theo tuyến đường bộ cao tôc vào ga Cái Bè. Sau đó tuyến tiếp tục đi song song với tuyến đường bộ cao tốc, rẽ trái vượt qua Quốc lộ 1A đi về Mỹ Thuận (trùng với hướng tuyến theo phương án quy hoạch được duyệt) và đi hết địa phận tỉnh Tiền Giang.
Tại địa phận tỉnh Vĩnh Long, UBND TP kiến nghị điều chỉnh hướng tuyến trùng với hướng tuyến quy hoạch được duyệt. Tại địa phận TP Cần Thơ, hướng tuyến được đề nghị điều chỉnh trùng với hướng tuyến quy hoạch được duyệt với chiều dài 139,60km (không tính đoạn tuyến từ ga lập tàu An Bình đến ga Tân Kiên), sử dụng chung hành lang an toàn tuyến đường bộ cao tốc (TPHCM - Trung Lương, Trung Lương - Mỹ Thuận - Cần Thơ), nhằm giảm thiểu việc chia cắt khu vực dân cư do tuyến đường sắt đi qua, thuận lợi trong quản lý ranh hành lang an toàn, đường gom và an toàn giao thông; phát triển hướng tuyến về phía Tây của khu vực có quỹ đất đế phát triển và mở rộng các đô thị vệ tinh, tận dụng được các đầu mối giao thông liên kết của đường cao tốc.
Do điểm đầu từ ga Tân Kiên (huyện Bình Chánh) thay vì ga An Bình (Bình Dương), UBND TP cũng đề xuất chỉ điều chỉnh hướng tuyến từ ga Tân Kiên đi Long An (khoảng 6,72km), trong đó có đoạn đi dọc theo tuyến cao tốc TPHCM - Trung Lương nên có thể xem xét đặt trong hành lang đường cao tốc.
