Đồng thời, xem xét việc đầu tư xây dựng tuyến đường sắt nhẹ Long Thành - Thủ Thiêm. Về kết nối với các tuyến đường trên địa bàn TP, UBND TP đề nghị nghiên cứu đầu tư xây dựng hoàn chỉnh nút giao An Phú, quận 2, TPHCM đồng bộ với quy mô đầu tư xây dựng hoàn chỉnh đường cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây; nghiên cứu bổ sung nút giao thông kết nối cao tốc với đường Long Phước, quận 9 để tạo động lực phát triển kinh tế-xã hội quận 9 và Khu đô thị sáng tạo, tương tác cao phía Đông TP.
Ngoài ra, UBND TP cũng kiến nghị Bộ nghiên cứu thực hiện phương án tổ chức bồi thường, hỗ trợ, tái định cư một lần theo đúng lộ giới quy hoạch tuyến đường cao tốc TPHCM - Long Thành - Dầu Giây, tránh gây xáo trộn nhiều lần đến đời sống của các hộ dân bị ảnh hưởng.