Các cơ quan này gồm: Bộ Công thương, Bộ Tài chính, Bộ NN-PTNT, Bộ LĐTB-XH, Bộ KH-ĐT và Bộ TT-TT. Trong quá trình triển khai thực thi hiệp định, trường hợp cần điều chỉnh để phù hợp với tình hình thực tế, giao Bộ Công thương chủ trì, phối hợp với các cơ quan liên quan tổng hợp, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định.
Trước đó, Bộ Công thương ký quyết định thành lập Nhóm tư vấn trong nước (Domestic Advisory Group - DAG) Việt Nam theo quy định tại Chương Thương mại và phát triển bền vững của Hiệp định Thương mại tự do Việt Nam - EU (EVFTA).
Thành viên Nhóm DAG Việt Nam sẽ đại diện cho lợi ích chính đáng liên quan đến thương mại và phát triển bền vững tại Việt Nam gồm 3 phân nhóm là kinh tế, xã hội và môi trường, như: Phòng Thương mại và công nghiệp Việt Nam (đại diện giới sử dụng lao động), Viện Công nhân và Công đoàn (Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam) và Trung tâm Phát triển nông thôn bền vững (SRD). Nhóm DAG Việt Nam hoạt động như một diễn đàn, có chức năng và nhiệm vụ tập hợp, trình bày quan điểm và đưa ra khuyến nghị, tư vấn, góp ý phù hợp để gửi đến Ủy ban Thương mại và phát triển bền vững của EVFTA.
