Xuất khẩu nông sản, doanh nghiệp lo 'chôn vốn' VAT

Nỗi lo hoàn thuế

Tại Hội nghị thúc đẩy xuất khẩu nông lâm thủy sản diễn ra hồi đầu tháng 8, sau khi chia sẻ về những kỷ lục mới trong xuất khẩu cà phê, ông Nguyễn Nam Hải, Chủ tịch Hiệp hội Cà phê - ca cao Việt Nam (VICOFA) đã nhắc đến những thách thức DN phải đối mặt, trong đó có việc nộp trước hoàn sau 5% thuế giá trị gia tăng (VAT).

Theo ước tính của hiệp hội, với dự báo xuất khẩu 1,5 triệu tấn, kim ngạch 7,5 tỷ USD trong năm 2025, số tiền VAT nộp trước khoảng 370 triệu USD (tương đương 10.000 tỷ đồng), trong khi thời gian hoàn thuế thường kéo dài. Đây cũng chính là điều ông Hải kiến nghị Bộ Tài chính xem xét đưa cà phê nhân xanh vào nhóm không chịu VAT, giúp giảm gánh nặng vốn cho DN.

Trước đó vào cuối tháng 7, trong công văn kiến nghị gửi Thủ tướng Chính phủ, phía VICOFA cho biết trước năm 2013, khi thực hiện luật Thuế VAT năm 2008, cà phê nhân là mặt hàng chịu thuế 5%. Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện có nhiều bất cập phát sinh khi một số đối tượng trục lợi, gian lận gây thiệt hại ngân sách, cũng như gây khó khăn cho những DN xuất khẩu chân chính.

Do vậy, năm 2013, Chính phủ đã đồng ý bỏ áp dụng thuế VAT với mặt hàng này. Tuy nhiên, theo quy định mới từ ngày 1-7-2025, cà phê nhân lại một lần nữa thuộc diện phải chịu thuế VAT 5%.

Cũng liên quan đến thuế VAT, theo quy định mới Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị Việt Nam (VPSA) cũng đã có văn bản gửi tới các cơ quan chức năng. Theo đó, ngành hồ tiêu Việt Nam hiện nay có sản lượng sản xuất ước đạt khoảng 200.000 tấn mỗi năm, trong đó 190.000 tấn (chiếm 95%) được xuất khẩu, chỉ 10.000 tấn (chiếm 5%) được tiêu thụ nội địa.

Tuy nhiên, chỉ có khoảng 5.000 tấn trong số này (chiếm 2,5%) được chế biến sâu và tiêu thụ trong nước, vì vậy Nhà nước chỉ thu được thuế VAT từ phần sản phẩm này. Phần lớn sản lượng còn lại sẽ xuất khẩu không phải chịu thuế VAT, nên DN xuất khẩu sẽ được hoàn.

Theo tính toán, tổng kim ngạch xuất khẩu của ngành hồ tiêu đạt 1,3 tỷ USD, trong đó thuế VAT 5% cho toàn bộ ngành sẽ lên tới 65 triệu USD. Tuy nhiên, chỉ có khoảng 1,625 triệu USD (tương đương khoảng 42 tỷ đồng) thu được VAT từ sản phẩm tiêu thụ nội địa, phần còn lại 63,375 triệu USD sẽ được hoàn lại cho các DN xuất khẩu.

Tương tự, nhóm cây gia vị khác với tổng sản lượng xuất khẩu khoảng 200.000 tấn cũng chỉ dành khoảng 5.000 tấn chế biến tiêu dùng trong nước. Tính chung toàn ngành gia vị Việt Nam, với tổng lượng xuất khẩu hơn 400.000 tấn (theo con số năm 2024), thì chỉ khoảng 10.000 tấn được tiêu thụ nội địa, giúp đem lại nguồn thu thuế VAT cho Nhà nước khoảng 55 tỷ đồng, còn số thuế dự kiến được hoàn khoảng 2.135 tỷ đồng.

Áp lực tài chính

Vẫn biết 5% thuế nộp trước sẽ được hoàn trả lại cho DN, nhưng điều các DN lo là không biết khi nào mới được hoàn. Chưa kể, nếu vì lỗi của bên thứ 3 DN có thể rơi vào tình thế không được hoàn thuế, trong khi số tiền nộp không nhỏ. Điều này làm gia tăng chi phí và áp lực cho DN.

Đáng chú ý theo ông Đỗ Hà Nam, Chủ tịch Hiệp hội Lương thực Việt Nam, các tổ chức tín dụng không giải ngân phần thuế này khi cấp vốn lưu động. Điều này vô tình gây áp lực tài chính và giảm hiệu quả kinh doanh.

Cũng nhắc đến những lo lắng của DN trong quá trình hoàn thuế, tại kiến nghị gửi các cơ quan chức năng, phía VPSA cũng nêu rõ cơ chế hoàn thuế thời gian qua đã bộc lộ nhiều kẽ hở tạo điều kiện gian lận trong việc hoàn thuế, ảnh hưởng đến DN xuất khẩu làm ăn chân chính.

Những vụ việc này đã gây thiệt hại cho các DN và làm giảm tính minh bạch trong việc thu thuế. Vì vậy, cộng đồng DN, nhà xuất khẩu rất lo lắng về nguy cơ này lại tiếp tục có thể lặp lại, khi thực hiện cơ chế hoàn thuế như quy định của Luật thuế GTGT mới.

“Áp dụng cơ chế thuế VAT hiện tại đối với ngành hồ tiêu và gia vị sẽ gây ra rất nhiều khó khăn tài chính cho DN, đặc biệt là trong bối cảnh biến động giá trị nông sản và sự cạnh tranh gay gắt từ các quốc gia khác như Indonesia, Ấn Độ, và Brazil. Do chủ yếu xuất khẩu vẫn là sản phẩm ở dạng sơ chế nên biên độ lợi nhuận rất thấp (1-3%), và vì vậy việc hoàn thuế VAT 5% khả năng sẽ trở thành yếu tố kìm hãm sự phát triển bền vững của ngành” - đại diện VPSA nhấn mạnh, đồng thời kiến nghị áp dụng thuế VAT 0% đối với hàng nguyên liệu đầu vào dùng để xuất khẩu.

Thực tế không phải đến khi các DN xuất khẩu nông sản lên tiếng vấn đề hoàn thuế mới được quan tâm, mà lâu nay đây cũng là vấn đề khiến không ít DN đau đầu. Tại Hội thảo lấy ý kiến về định hướng xây dựng chính sách của Luật quản lý thuế (thay thế) diễn ra ngày 1-8, khi nêu ý kiến về công tác hoàn thuế, đại diện công ty kiểm toán KPMG cho biết dù ngành thuế nỗ lực đẩy nhanh, nhưng thực tế DN vẫn mất rất nhiều thời gian và kết quả xử lý thường gây nhiều tranh cãi.

Liên quan đến vấn đề này, Cục trưởng Cục Thuế Mai Xuân Thành cho biết, hiện tỷ lệ chậm muộn hồ sơ hoàn thuế đã giảm dần. Do trước đây các trường hợp liên quan đến chuỗi hóa đơn của các DN bỏ trốn thường mất rất nhiều thời gian xử lý. Tuy nhiên nay các hồ sơ này sẽ được tách ra, xử lý trước các phần không liên quan. Từ đó giảm được nhiều thời gian giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho DN.

Theo Luật thuế VAT 2024 có hiệu lực từ 1-7-2025. Đối với thuế suất 0%: áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu đáp ứng đủ điều kiện (có hợp đồng, tờ khai hải quan, chứng từ thanh toán qua ngân hàng…).

Đối với thuế suất 5%: áp dụng cho nhiều loại sản phẩm nông sản khi tiêu thụ trong nước (theo Điều 9, được hướng dẫn chi tiết tại Nghị định 181/2025). Như vậy, hàng nông sản xuất khẩu đúng quy định vẫn được hưởng thuế suất 0%. Tuy nhiên, đầu vào (mua nông sản trong nước) đã bị áp 5% VAT, nên khi xuất khẩu với 0% DN phải làm thủ tục hoàn thuế VAT.