6 tiêu chí gồm: 1- Doanh thu và kết quả hoạt động sản xuất kinh doanh trong năm của hợp tác xã; 2- Lợi ích của các thành viên hợp tác xã; 3- Vốn hoạt động của hợp tác xã; 4- Quy mô thành viên ảnh hưởng tích cực đến cộng đồng; 5- Hợp tác xã được khen thưởng trong năm; 6- Mức độ hài lòng của thành viên đối với hợp tác xã.
Căn cứ theo 6 tiêu chí trên, hợp tác xã nông nghiệp được xếp loại theo 4 mức: Hợp tác xã hoạt động tốt; hợp tác xã hoạt động khá; hợp tác xã hoạt động trung bình; hợp tác xã hoạt động yếu. Hợp tác xã mới thành lập và sản xuất kinh doanh chưa đủ 12 tháng trong năm thì không tự chấm điểm và xếp loại.
Theo Thông tư, hợp tác xã nông nghiệp được phân loại như sau:
Hợp tác xã trồng trọt: Là hợp tác xã có hoạt động sản xuất trồng trọt (trồng cây hàng năm, cây lâu năm; nhân và chăm sóc cây giống nông nghiệp) và dịch vụ trồng trọt có liên quan; dịch vụ sau thu hoạch; xử lý hạt giống để nhân giống.
Hợp tác xã chăn nuôi: Là hợp tác xã có hoạt động sản xuất chăn nuôi (trâu, bò, ngựa, lừa, la, dê, cừu, lợn, gia cầm và chăn nuôi khác); dịch vụ chăn nuôi có liên quan; săn bắt, đánh bẫy và hoạt động dịch vụ có liên quan.
Hợp tác xã lâm nghiệp: Là hợp tác xã có hoạt động sản xuất lâm nghiệp (trồng và chăm sóc rừng; khai thác gỗ và lâm sản khác; thu nhặt sản phẩm từ rừng không phải gỗ và lâm sản khác) và dịch vụ lâm nghiệp có liên quan.
Hợp tác xã thủy sản: Là hợp tác xã có hoạt động nuôi trồng thuỷ sản (nuôi trồng thuỷ sản biển, nội địa; sản xuất giống thuỷ sản); khai thác thủy sản (khai thác thủy sản biển và nội địa, bao gồm cả bảo quản thuỷ sản ngay trên tàu đánh cá).
Hợp tác xã diêm nghiệp: Là hợp tác xã có hoạt động khai thác muối (khai thác muối mỏ, đập vụn muối và sàng muối; sản xuất muối từ nước biển, nước mặn ở hồ hoặc nước mặn tự nhiên khác; nghiền, tẩy rửa, và tinh chế muối phục vụ cho sản xuất) và dịch vụ có liên quan đến phục vụ khai thác muối.
Hợp tác xã nước sạch nông thôn: Là hợp tác xã có hoạt động khai thác, xử lý và cung cấp nước sạch (khai thác nước từ sông, hồ, ao; thu nước mưa; thanh lọc nước để cung cấp; khử muối của nước biển để sản xuất nước như là sản phẩm chính; phân phối nước thông qua đường ống, bằng xe hoặc các phương tiện khác) cho nhu cầu sinh hoạt trên địa bàn nông thôn.
Hợp tác xã nông nghiệp tổng hợp: Là hợp tác xã có hoạt động từ hai lĩnh vực hoạt động của các hợp tác xã được phân loại nêu trên trở lên.
