Gửi tới Quốc hội báo cáo kết quả giám sát chuyên đề “Việc thực hiện các quy định pháp luật về hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với xuất khẩu”, Ủy ban Tài chính - Ngân sách của Quốc hội cho rằng, ngành thuế vừa qua đã quá nhấn mạnh các yếu tố rủi ro và xem nhẹ các yếu tố về lịch sử tuân thủ của người nộp thuế trong quản lý rủi ro.
Hậu quả là dòng tiền hoàn thuế bị ách tắc, ảnh hưởng đến nguồn lực tài chính của doanh nghiệp. Các văn bản hướng dẫn nghiệp vụ trong ngành cũng đặt ra gánh nặng quá lớn đối với các cơ quan quản lý thuế cấp dưới, vừa không khả thi, vừa gây rủi ro pháp lý cho cán bộ trực tiếp giải quyết hoàn thuế.
Cơ quan của Quốc hội nêu rõ, việc phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT và lựa chọn doanh nghiệp để xây dựng kế hoạch thanh tra hoàn thuế GTGT hiện đang được các cục thuế thực hiện theo cách hoàn toàn thủ công trên cơ sở phân tích các thông tin sẵn có. “Vì vậy, việc đánh giá rủi ro và phân loại hồ sơ để giải quyết hoàn thuế còn thiên về định tính và ít nhiều phụ thuộc vào ý chí chủ quan của các cán bộ trực tiếp làm công tác hoàn thuế”, báo cáo nêu.
Vẫn theo Ủy ban Tài chính - Ngân sách, tại thời điểm làm việc với các cơ quan, đơn vị được giám sát, văn bản quy định về quản lý rủi ro trong hoàn thuế chưa được Tổng cục Thuế ban hành. Văn bản này mới được ban hành ngày 18-9-2023 (Quyết định số 1388/QĐ-TCT) về việc áp dụng quản lý rủi ro trong phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT và lựa chọn người nộp thuế để xây dựng kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế.
Việc ứng dụng công nghệ thông tin trong phân loại tự động hồ sơ hoàn thuế đã có thông tư quy định từ năm 2021 (Thông tư số 31/2021/TT-BTCT), nhưng theo báo cáo của Tổng cục Thuế và theo phản ánh của một số cục thuế, hiện tại, vẫn chưa có một ứng dụng quản lý rủi ro nào được sử dụng để hỗ trợ cho các cục thuế trong công tác phân loại và giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
Trong khi đó, số văn bản chỉ đạo trong ngành để đẩy mạnh quản lý chống gian lận hoàn thuế GTGT tăng nhanh. Từ năm 2020-2023, Tổng cục Thuế đã ban hành 27 văn bản chỉ đạo trong ngành, trong đó yêu cầu các cục thuế đẩy mạnh công tác thanh tra, kiểm tra hoàn thuế GTGT và đặc biệt đã yêu cầu cơ quan thuế các cấp phối hợp thực hiện rà soát xác minh việc cung ứng hàng hóa, dịch vụ đầu vào qua các khâu cũng như xác minh đầu ra của doanh nghiệp. Các văn bản này tập trung vào một số các ngành hàng được cảnh báo, bao gồm gỗ dăm, viên nén, gỗ thành phẩm; tinh bột sắn; cao su; linh kiện điện, điện tử, điện thoại.
Theo Ủy ban Tài chính - Ngân sách, các văn bản này đã chỉ đạo một cách không rõ ràng, dễ dẫn đến cách hiểu là toàn bộ các hồ sơ của doanh nghiệp trong các lĩnh vực được cảnh báo sẽ đều cần được thực hiện rà soát, xác minh chi tiết về các nhà cung cấp qua các khâu đầu vào cũng như về các đối tác nước ngoài đối với đầu ra. Từ đó, việc thực hiện ở các cục thuế không thống nhất. Có doanh nghiệp phản ánh với đoàn giám sát về thời gian chờ đợi đã kéo dài đến 3 năm mà doanh nghiệp vẫn chưa được hoàn thuế.