Nhưng hiện nay đang tồn tại thực trạng nhiều quy định, luật lệ của Nhà nước dễ thay đổi hoặc bị vô hiệu hóa ở các cấp thừa hành, là rủi ro rất lớn khiến doanh nghiệp không thể chống đỡ được. Nhìn rộng ra nó là mối nguy đối với nền kinh tế bởi không chỉ làm xấu đi môi trường kinh doanh, mà còn làm cho nhà đầu tư mất niềm tin vào chủ trương, đường lối của Nhà nước.
Tại thời điểm Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) khởi công xây dựng nhà máy sản xuất ethanol đầu tiên ở tỉnh Phú Thọ vào tháng 6-2009, sản xuất nhiên liệu sinh học nổi lên như một lĩnh vực kinh doanh đầy hứa hẹn. Cơ sở của niềm tin này là đề án phát triển nhiên liệu sinh học đến năm 2015 được Thủ tướng Chính phủ ký duyệt vào tháng 11-2007, và càng được củng cố sau khi Thủ tướng Chính phủ ký tiếp Quyết định 53 vào tháng 11-2012, ban hành lộ trình bắt buộc áp dụng tỷ lệ phối trộn nhiên liệu sinh học với nhiên liệu truyền thống.
Từ niềm tin vào chủ trương phát triển nhiên liệu sinh học của Chính phủ, chỉ trong 9 tháng PVN khởi công xây dựng 3 nhà máy sản xuất ethanol với tổng công suất 300 triệu lít. Các nhà đầu tư tư nhân cũng không bỏ lỡ cơ hội khi tham gia đóng góp thêm vào năng lực sản xuất 250 triệu lít ethanol nữa.
Thế nhưng, các doanh nghiệp đặt niềm tin vào chủ trương của Chính phủ để đầu tư đón đầu cơ hội kinh doanh giờ đây đang lâm cảnh dở sống dở chết. Nguyên nhân do Quyết định 53 đã không thể có hiệu lực trong thực tế và trước mắt những doanh nghiệp đã trót bỏ hàng ngàn tỷ đồng đầu tư vào sản xuất ethanol sẽ có tương lai mờ mịt vì các nhà máy ethanol lần lượt đóng cửa.
Gần đây, Văn phòng Chính phủ ban hành công văn thông báo ý kiến của Phó Thủ tướng Trịnh Đình Dũng, trong đó xác định từ ngày 1-1-2018 sẽ loại bỏ xăng khoáng RON 92 và thay bằng xăng sinh học E5. Thông tin này mang lại hy vọng cho các nhà sản xuất ethanol, nhưng xem ra họ vẫn chưa thực sự tin tưởng, bởi năm 2016 việc thực thi Quyết định 53 đã từng được xới lên nhưng lại tắt ngấm ngay sau đó.
Hay sự kiện cũng là ô tô hybrid (dòng xe “lai” chạy xăng kết hợp điện) nhưng xe sạc điện từ trạm điện sẽ được hưởng ưu đãi, còn xe có bộ chuyển đổi xăng sang sạc điện dù tiết kiệm được 30% nhiên liệu như luật yêu cầu, lại không được hưởng ưu đãi, cũng đang khiến nhiều doanh nghiệp bức xúc.
Ai cũng biết ưu điểm nổi bật của động cơ hybrid là giúp xe tiết kiệm nhiên liệu và giảm thải khí CO2 khi vận hành. Do đó, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) quy định áp dụng mức thuế suất thuế TTĐB ưu đãi cho xe hybrid này. Song nhiều mẫu xe hybrid nhập về Việt Nam vẫn bị đánh thuế TTĐB như ô tô chạy bằng động cơ xăng.
Nguyên nhân do Bộ Tài chính mà cụ thể là cơ quan thuế, khi triển khai thực hiện Luật Thuế TTĐB lại có “khái niệm” đây là loại xe chạy hoàn toàn bằng xăng, không phải xe “chạy bằng xăng kết hợp năng lượng điện”. Lý do, động cơ điện trên xe được chuyển hóa từ nhiên liệu xăng, hoặc xe sử dụng động cơ điện do máy phát điện chạy xăng.
Do đó, các loại xe này không thuộc diện áp dụng mức thuế suất ưu đãi theo quy định tại Điều 7 Luật Thuế TTĐB. Nhập nhằng ở chỗ, Bộ Tài chính đề xuất “xe ô tô chạy xăng kết hợp năng lượng điện, năng lượng sinh học có tỷ trọng xăng sử dụng không quá 70% năng lượng sử dụng mới được áp thuế TTĐB bằng 70% mức thuế áp dụng cho xe cùng loại…”. Trong khi đó, xe hybrid tiết kiệm 30% nhiên liệu so với xe chạy xăng cùng loại, tức sử dụng chưa tới 70% nhiên liệu xăng, đã đáp ứng quy định này để được hưởng ưu đãi, nhưng lại không được ưu đãi.
Với quy định tự đặt ra này, trong thời gian tới những doanh nghiệp đã nhập khẩu và được thông quan xe hybrid theo thuế suất ưu đãi sẽ có nguy cơ bị truy thu thuế lên tới hàng chục tỷ đồng. Như vậy, sau gần 10 năm ban hành Luật Thuế TTĐB nhằm khuyến khích xe thân thiện môi trường, đã không được thực thi nghiêm túc do cơ quan chủ quản tự đặt ra tiêu chuẩn riêng về xe thân thiện môi trường, trong khi cho đến nay Việt Nam vẫn chưa sản xuất được loại xe này.