Theo đó, toàn bộ phí, lệ phí hàng hải nội địa áp dụng đối với tàu thuyền vào, rời cảng biển Việt Nam được miễn theo quy định tại Chương III, Thông tư số 261/2016 của Bộ Tài chính (đã được sửa đổi, bổ sung tại các Thông tư số 90/2019 và 74/2021). Các khoản được miễn gồm: phí trọng tải tàu thuyền; phí bảo đảm hàng hải; phí sử dụng vị trí neo, đậu tại khu nước, vùng nước; phí kháng nghị hàng hải; lệ phí ra, vào cảng biển.
Bên cạnh đó, các phương tiện thủy nội địa hoạt động giữa các cảng, bến thủy nội địa trong nước cũng được miễn nhiều khoản phí, lệ phí quan trọng như: phí trọng tải tàu, thuyền; lệ phí ra, vào cảng, bến thủy nội địa; phí trình báo đường thủy nội địa. Đây là những chi phí chiếm tỷ trọng đáng kể trong cơ cấu giá thành vận tải thủy.
