Hội đồng tư vấn do TS Trần Du Lịch, thành viên Hội đồng Tư vấn chính sách tiền tệ quốc gia, làm Chủ tịch; TS Trương Minh Huy Vũ, Phó Viện trưởng Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM, làm Phó Chủ tịch.
PGS-TS Trần Hoàng Ngân, Thư ký Bí thư Thành ủy TPHCM, cùng 22 người khác là các chuyên gia của các viện, trường, cơ quan, đơn vị làm thành viên. Tổ thư ký của Hội đồng tư vấn có 3 người, do ông Triệu Thành Sơn, Trưởng phòng Quản lý khoa học, Viện Nghiên cứu phát triển TPHCM, làm Tổ trưởng.
Hội đồng tư vấn và Tổ thư ký có nhiệm vụ tổ chức họp hoặc hội thảo khoa học để trao đổi, đề xuất với UBND, Chủ tịch UBND TPHCM những nội dung ưu tiên, quy định chi tiết thi hành Nghị quyết 98; các giải pháp, đề án và những vấn đề quan trọng liên quan đến việc triển khai thực hiện các cơ chế, chính sách đặc thù được quy định tại Nghị quyết 98.
