Tiền phí thu được sẽ hỗ trợ hoàn vốn đầu tư và bảo trì đường cao tốc. Về mức thu, Bộ GTVT tính toán trên cơ sở mức phí đường cao tốc TPHCM - Trung Lương (1.000 - 1.500 đồng/km/xe dưới 12 chỗ ngồi).
Theo Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Nhật, việc thu phí đường cao tốc là cần thiết, vì đó là nguồn thu rất lớn cho ngân sách nhà nước để tái đầu tư hạ tầng giao thông. Tính toán của Bộ GTVT cho thấy, nếu tiếp tục tổ chức thu phí sử dụng đường bộ trên đường cao tốc TPHCM - Trung Lương, số phí dự kiến thu được trong năm 2020 là 880 tỷ đồng. Khi các tuyến cao tốc do Nhà nước đầu tư như tuyến Lạng Sơn - cửa khẩu Hữu Nghị (43km), Mỹ Thuận - Cần Thơ (24km), La Sơn - Túy Loan (66km), Cam Lộ - La Sơn (102km) hoàn thành và được triển khai thu phí, dự kiến hàng năm thu thêm được tổng số phí là gần 5.000 tỷ đồng.
Một số ý kiến từ phía các cơ quan quản lý nhà nước cho rằng, các tuyến cao tốc do Nhà nước đầu tư đều là nguồn vốn vay, lại có thêm những tuyến đường song hành, cần thu phí để có thêm nguồn lực trả nợ sớm và giúp điều hòa, phân bố lại giao thông tại các khu vực, tránh gây quá tải dẫn tới hư hỏng công trình. Điển hình là câu chuyện thu phí cao tốc TPHCM - Trung Lương, việc không thu phí khiến tuyến đường này bị quá tải, xuống cấp rất nhanh.
Nhưng Bộ Tài chính cho rằng, Bộ GTVT cần làm rõ bản chất của khoản phí này, phân biệt rõ ràng với phí sử dụng đường bộ đang thu theo đầu phương tiện hiện nay. Đồng thời, Bộ GTVT cần minh bạch về thời gian thu phí, xem xét cả với trường hợp đường cao tốc do doanh nghiệp đầu tư hết thời gian hoàn vốn, chuyển giao cho Nhà nước quản lý. Căn cứ để xác định mức phí cần được làm rõ, không nên chỉ lấy từ một dự án cụ thể. Bộ GTVT cũng cần làm rõ ảnh hưởng của đề xuất này đến việc thu tiền hoàn vốn các dự án đường cao tốc do doanh nghiệp đầu tư, nhất là dự án đầu tư đường cao tốc Bắc - Nam sẽ có các đoạn, tuyến đầu tư xen kẽ giữa doanh nghiệp và Nhà nước.
Bộ GTVT phải có đề xuất cụ thể về cơ quan có thẩm quyền quyết định đặt trạm, thời gian thu phí, mức thu phí. Để có thể thu khoản phí này, Bộ Tài chính nghiêng về phương án đề nghị Chính phủ trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội bổ sung dịch vụ sử dụng đường cao tốc vào danh mục dịch vụ do Nhà nước định giá. Việc thu theo cơ chế giá dịch vụ được cho là sẽ đồng bộ về mức thu các dự án BOT liền kề, tạo điều kiện thuận lợi cho việc khai thác đường cao tốc do Nhà nước đầu tư theo các hình thức chuyển nhượng, cho thuê, góp vốn liên doanh…
Trước đề xuất của Bộ GTVT, nhiều ý kiến từ phía doanh nghiệp vận tải cho rằng, dù thu theo phương thức nào, giá hay phí cũng đều là gánh nặng đối với người dân. Nếu thực hiện theo phương án thu phí sẽ tái diễn tình trạng “phí chồng phí” vì hiện nay đã thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện, nay lại thu phí sử dụng đường cao tốc. Nếu thu theo cơ chế giá thì ảnh hưởng rất lớn đến hoạt động sản xuất kinh doanh và sinh hoạt của người dân, nhất là trong điều kiện dịch Covid-19 kéo dài như hiện nay.
Đặc biệt, cho đến thời điểm này, những vấn đề bức xúc của trạm thu phí BOT còn chưa giải quyết được triệt để. Nhiều trạm BOT còn đang chờ Nhà nước bỏ kinh phí ra mua lại để người dân không phải trả phí. Việc thu phí với những tuyến đường do Nhà nước đầu tư sẽ gây bức xúc dư luận. Hơn thế nữa, việc thu phí các tuyến cao tốc do Nhà nước đầu tư sẽ khiến cho mục tiêu giảm chi phí logistics (theo tính toán của Ngân hàng Thế giới là 20,9% GDP) càng trở nên khó khăn, ảnh hưởng tiêu cực đến sức cạnh tranh của hàng hóa Việt Nam trên thị trường quốc tế.
Trong trường hợp phải thu để đảm bảo nguồn lực đầu tư, các cơ quan quản lý nhà nước cần thận trọng, tính toán kỹ về thời điểm thu phí, đưa ra mức thu hợp lý để vừa đảm bảo phù hợp với các quy định pháp luật hiện hành, vừa đảm bảo quyền lợi của người sử dụng đường. Bài học từ việc thu phí các dự án BOT cho thấy, việc thu phí sử dụng đường bộ cần có sự lựa chọn cho người dân, không gây khó khăn thêm cho các doanh nghiệp vận tải. Đặc biệt, nếu công tác tổ chức thu, sử dụng nguồn thu không minh bạch, việc thu phí sẽ rất dễ gây ra những phản ứng bức xúc từ dư luận.