Theo Bộ Tài chính, Khoản 5 Điều 85 Luật quản lý thuế giao Chính phủ quy định việc phối hợp giữa cơ quan quản lý thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh, chính quyền địa phương bảo đảm các khoản tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã được xóa phải được hoàn trả vào ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 3 Điều 85 trước khi cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp; đồng thời Luật giao Chính phủ quy định chi tiết khoản 4 Điều 85 xoá nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đối với các trường hợp bị ảnh hưởng do thiên tai, thảm họa, dịch bệnh có phạm vi rộng và các trường hợp bất khả kháng khác.
Để đảm bảo xóa nợ đúng đối tượng và kiểm soát việc nợ thuế - xoá nợ - thành lập doanh nghiệp mới, dự thảo Nghị định đã quy định việc phối hợp giữa cơ quan thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh, chính quyền địa phương trong việc hoàn trả cho Nhà nước khoản nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã được xóa trước khi cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp cho người nộp thuế đã được xóa nợ.
Theo đó việc trao đổi thông tin doanh nghiệp giữa cơ quan quản lý thuế và cơ quan đăng ký kinh doanh được thực hiện thông qua mạng điện tử kết nối giữa hệ thống thông tin thuế và hệ thống thông tin quốc gia về đăng ký doanh nghiệp.
Trình tự trao đổi thông tin được thực hiện như sau: (i) Cơ quan quản lý thuế cung cấp cho cơ quan đăng ký kinh doanh các thông tin về người nộp thuế đã được xóa nợ; (ii) Cơ quan đăng ký kinh doanh cung cấp cho cơ quan quản lý thuế thông tin về đề nghị đăng ký thành lập doanh nghiệp, đăng ký thành lập hộ kinh doanh... của người đã được xóa nợ; (iii) Cơ quan quản lý thuế cung cấp cho cơ quan đăng ký kinh doanh thông tin về việc hoàn thành nghĩa vụ nộp thuế của người nộp thuế đã được xóa nợ.
Cơ quan đăng ký kinh doanh không cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp cho cá nhân, cá nhân kinh doanh, chủ hộ gia đình, chủ hộ kinh doanh, chủ doanh nghiệp tư nhân và chủ công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên đã được xóa nợ khi chưa hoàn trả vào ngân sách nhà nước số tiền thuế đã được xóa nợ.
Đối với trường hợp xóa nợ theo quy định tại khoản 4 Điều 85 Luật quản lý thuế: Để đảm bảo chính sách phù hợp với từng thời kỳ phát triển của nền kinh tế, dự thảo Nghị định quy định Chính phủ ban hành Nghị quyết quy định đối tượng, trình tự thủ tục, hồ sơ, thẩm quyền xóa nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt trong từng thời kỳ cụ thể đối với người nộp thuế bị thiệt hại bởi thiên tai, thảm họa, dịch bệnh có phạm vi rộng phù hợp với quy định tại khoản 4 Điều 85 Luật quản lý thuế.